AutoDock运行报错

Question

AutoDock运行报错，看不太懂，有人可以解答一下嘛？

```python
ERROR *********************************************
Traceback (most recent call last):
  File "C:\Program Files (x86)\MGLTools-1.5.7\lib\site-packages\ViewerFramework\VF.py", line 941, in tryto
    result = command( *args, **kw )
  File "C:\Program Files (x86)\MGLTools-1.5.7\lib\site-packages\Pmv\fileCommands.py", line 1431, in doit
    newparser = Mol2Parser(filename)
  File "C:\Program Files (x86)\MGLTools-1.5.7\lib\site-packages\MolKit\mol2Parser.py", line 43, in __init__
    MoleculeParser.__init__(self, filename)
  File "C:\Program Files (x86)\MGLTools-1.5.7\lib\site-packages\MolKit\moleculeParser.py", line 36, in __init__
    self.filename = str(filename)
UnicodeEncodeError: 'ascii' codec can't encode characters in position 9-10: ordinal not in range(128)
Exception in Tkinter callback
Traceback (most recent call last):
  File "C:\Program Files (x86)\MGLTools-1.5.7\lib\lib-tk\Tkinter.py", line 1410, in __call__
    return self.func(*args)
  File "C:\Program Files (x86)\MGLTools-1.5.7\lib\site-packages\Pmv\fileCommands.py", line 614, in guiCallback
    mols.data.extend(mol.data)
AttributeError: 'str' object has no attribute 'data'
The file C:/Program Files (x86)/3dzh.mol2 is empty
adding gasteiger charges to  pymol

```

Answer 1

该回答通过自己思路及引用到各个渠道搜索综合及思考,得到内容具体如下：

这个错误提示包含两个错误：

1. UnicodeEncodeError: 'ascii' codec can't encode characters in position 9-10: ordinal not in range(128)

这个错误通常是由于文件路径中包含非ASCII字符（比如中文）而导致的。
在Python 2中，默认使用ASCII编码来处理字符串，在处理非ASCII字符时会出现编码错误。
如果你的文件路径中包含了非ASCII字符，可以在文件路径前面加上一个小写的'r'，表示使用原始字符串，即不对字符串进行任何编码转换。
例如pyhon代码如下：

filename = r'C:\Program Files (x86)\3dzh.mol2'


2. AttributeError: 'str' object has no attribute 'data'

这个错误通常是由于读取的文件格式不正确或文件为空导致的。在这个例子中，AutoDock读取的文件格式是mol2格式，可以检查一下文件是否符合mol2格式的要求，或者尝试使用其他格式的文件进行测试。

同时，最后一行提示文件为空，也可以检查一下文件是否存在或是否为空。

---

如果以上回答对您有所帮助，点击一下采纳该答案～谢谢