利用mothur进行otu划分

Question

一代测序otu划分，三百四十多个样品，有谁知道详细的步骤吗？（我什么都不懂）包括前期数据的准备，紧急……

Answer 1

引用new bing部分指引作答：
mothur是一个广泛用于微生物组学分析的软件工具包，其中包含了OTU聚类、多样性分析、分类学注释等多个分析功能。以下是利用mothur进行OTU划分的详细步骤：

1 准备数据
将测序结果的fastq文件转化为fasta格式，并去除低质量序列、引物序列、接头序列等，并合并成一个总的fasta文件。

2 去除嵌合体序列
利用mothur的unique.seqs命令去除相同序列，然后使用pre.cluster命令将具有不同序列但存在一定误差的序列合并成一个单一序列，这样可以去除大部分PCR嵌合体产生的错误序列。
3 序列质量控制
利用mothur的screen.seqs命令去除长度不足、含有低质量碱基的序列，并去除有误差的序列。
4 序列比对
利用mothur的align.seqs命令将所有序列比对到同一模板序列上，一般选择SILVA数据库的16S rRNA参考序列作为模板。

5 利用mothur进行OTU聚类
利用mothur的pre.cluster命令对序列进行聚类，一般选择97%相似度作为OTU定义的标准。

6 去除单序列OTU和低丰度OTU
利用mothur的remove.rare命令去除低丰度OTU，一般将丰度阈值设为0.005%。同时，去除只含有一个序列的OTU。
7 OTU注释
利用mothur的classify.seqs命令将OTU序列注释为对应的细菌分类。

8 OTU多样性分析
利用mothur的summary.single命令对每个样品的OTU进行多样性分析，包括物种丰度分布、稀有物种分析、Alpha多样性指数、Beta多样性分析等。

以上是利用mothur进行OTU划分的详细步骤，但是每个步骤的具体参数设置可能需要根据数据质量、样品特性等情况进行调整。建议先了解mothur的文档和使用方法，然后再进行OTU划分分析。