kraken2物种注释

Question

采用kraken2注释人体肠道菌群的物种丰富度，kraken2所需要的数据挑选哪几个比较好

Answer 1

参考GPT和自己的思路：对于使用kraken2进行人体肠道菌群物种注释所需要的数据，一般建议选择NCBI数据库中包含人类肠道微生物组的标准参考筛选集：human_microbiome_all库，这个库包含了肠道菌群中的所有物种信息，适合用于人体肠道菌群的注释工作。此外，还有其他一些相关的数据库，比如SILVA、Greengenes等，可以根据实际需要进行选择。