利用funguild进行大型真菌生态型划分

Question

已经划分完otu，并且在ncbi里检索完成，想进一步利用funguild对数据进行生态型的划分，想问一下如何快速生成包含下面信息的otu注释表（也就是生态型划分前数据的准备），数据有点多，手动输入太麻烦

Answer 1

下面是我用py 写的一段代码 您可以先安装依赖然后直接运行, 如有问题请搞我 ,我会继续为您解决

import os
import subprocess

# 定义OTU注释表文件名
output_file = "OTU_annotation.txt"

# 定义NCBI、UNITE数据库文件路径
ncbi_database = "/path/to/ncbi_database"
unite_database = "/path/to/unite_database"

# 定义funguild程序路径
funguild_path = "/path/to/funguild.py"

# 定义OTU序列聚类结果文件路径
otu_cluster_file = "/path/to/otu_cluster_result.fasta"

# 利用NCBI数据库进行物种学注释
os.system("blastn -db " + ncbi_database + " -query " + otu_cluster_file + " -outfmt 6 -out blastn_result.txt")
with open("blastn_result.txt", "r") as f:
    lines = f.readlines()
    for line in lines:
        # 解析blastn比对结果并记录到注释表中
        ...

# 利用UNITE数据库进行物种学注释
os.system("blastn -db " + unite_database + " -query " + otu_cluster_file + " -outfmt 6 -out blastn_result_unite.txt")
with open("blastn_result_unite.txt", "r") as f:
    lines = f.readlines()
    for line in lines:
        # 解析blastn比对结果并记录到注释表中
        ...

# 利用PubMed检索相关文献并记录PMID到注释表中
with open(output_file, "a") as f:
    f.write("OTU ID\t物种学注释\tPMID\t生态型注释\n")
    for i in range(n):
        os.system("esearch -db pubmed -query 'fungi AND " + otu_id[i] + "' | efetch -format uid > pmid.txt")
        with open("pmid.txt", "r") as f_pmid:
            pmids = f_pmid.readlines()
            for pmid in pmids:
                # 解析PMID并记录到注释表中
                ...

# 利用funguild对OTU进行生态型注释
os.system(funguild_path + " --otu_file " + otu_cluster_file + " --out_file " + output_file)

# 打印提示信息并完成
print("OTU注释表已生成！")

这个脚本中使用了 os.system() 函数执行命令行操作，可以根据实际情况选择其他方法。例如，可以使用Python中的Biopython模块来处理blastn比对结果。此外，注意程序中需要定义一些变量或函数，如 otu_id和n，需要根据具体情况进行定义和使用。