Fungild真菌功能预测

Question

在用Python做Fungild真菌功能预测时，总是出现这个问题，表中含有taxnonmy信息，为什么提示没有？输入的txt表格是由xls格式转化来的是主要问题吗？在Fungild教程中提到要用QIIME软件将biom文件转换成txt格式，tls和biom文件内容是一致的情况下，两种格式转换结果也有区别吗？请指教谢谢了

index_tax = header.index(lookup)
ValueError: 'taxonomy' is not in list

Answer 1

这个错误提示说明在读取数据表格时找不到名为'taxonomy'的列。可能有以下几种原因：

1. 文件格式转换问题：你提到数据表格是由xls格式转化来的，可能转换过程中出现了一些问题。建议使用QIIME等专业的生物信息学软件将biom格式转换成txt格式，以确保数据格式正确。

2. 数据表格中没有名为'taxonomy'的列：在你的数据表格中，没有名为'taxonomy'的列，或者该列的名称不是'taxonomy'。如果是这种情况，需要查看表格文件中的列头信息，确定数据表格中的哪一列存储了taxnonmy信息。

3. 表格结构问题：有时候，数据表格的结构可能与程序的要求不符。请确保数据表格中每列数据的字段数和顺序与程序的要求一致。

最后，转换成后的txt格式应该与biom格式内容一致，只是格式不同。通常来说，如果转换过程正确，就不应该出现数据内容上的差异。如果没有其他问题，你可以试着使用QIIME软件将biom文件转换成txt格式，然后再运行Fungild程序。