安装fastStructure软件

Question

本来是想记录一下安装全过程，要是哪儿出bug了，能让大lao帮帮我来着，因为实在是自己安装了好几遍都没成功运行，所以就想着记录下来发到网上提问，谁知道记着记着，自己就装好了，并且运行成功了，当然最后出了点错误，但都自己解决了，终于，折磨了我两天的fastStructure软件安装成功！溜了溜了，如果以后有哪位同学也跟我一样困难重重，希望这篇文章能帮到他吧~

 conda create -n fastStructure_py2 python=2.7 cython scipy numpy matplotlib

安装的包有：

下载并安装 GSL (GNU Scientific Library)：

wget http://ftp.acc.umu.se/mirror/gnu.org/gnu/gsl/gsl-latest.tar.gz
tar -zxvf gsl-latest.tar.gz
rm gsl-latest.tar.gz
cd gsl-2.7.1/

接下来，我们将安装 GSL 到一个特定的目录，以便稍后在编译 fastStructure 时引用它。为此，创建一个目录：

mkdir /home/username/software/gsl

在此之后，配置并安装 GSL：

./configure --prefix=/home/LY/software/gsl
make
make check
make install

**将以下代码添加到用户的 ~/.bashrc **

nano ~/.bashrc
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/home/LY/software/gsl/lib
export CFLAGS="-I/home/LY/software/gsl/include"
export LDFLAGS="-L/home/LY/software/gsl/lib"
source ~/.bash_profile

重新激活环境
source ~/anaconda3/bin/activate fastStructure
下载并编译 fastStructure。从 GitHub 下载源代码并解压缩：

wget --no-check-certificate https://github.com/rajanil/fastStructure/archive/master.tar.gz
tar zxvf master.tar.gz
cd fastStructure-master/

到这儿都没啥问题，但是编译fastStructure的时候就出问题

然后我就装了

pip install cython==0.27.3

这个警告信息并不影响程序的运行，只是提醒你正在使用已经被弃用的 NumPy API，可以通过定义 NPY_NO_DEPRECATED_API 来禁用此警告。你可以在编译时加上 -DNPY_NO_DEPRECATED_API=NPY_1_7_API_VERSION 选项来禁用此警告：

python setup.py build_ext --inplace -DNPY_NO_DEPRECATED_API=NPY_1_7_API_VERSION

这样警告信息就不会再出现了。

然后，尝试运行一个测试：结果又报错了

cd /home/LY/software/fastStructure-master
python structure.py -K 2 --input=tests/testdata --output=test_output

忽略这个错误，咱们的vars里还没编译

下面在vars中编译 fastStructure

cd vars/
python setup.py build_ext --inplace -DNPY_NO_DEPRECATED_API=NPY_1_7_API_VERSION

运行顺利
接着再来测试一下，注意test文件的路径：

运行成功！！
这就是结果文件：

终于结束啦！自己摸索了两天终于OK了！

Answer 1

感谢分享。分享也是一种梳理提升的过程，你做到了，恭喜！：）