RDKit计算化学结构的相似性

Question

博主可以帮我检查一下这个代码嘛？为什么我运算不出来，我的文件里只有一个化学结构的SDF，我不知道哪儿该加第二个化学结构的文件，请博主给点意见

Answer 1

不知道你这个问题是否已经解决, 如果还没有解决的话:

• 以下回答来自chatgpt:

  问题:

  请帮我检查以下代码，我正在使用RDKit计算化学结构的相似性，但无法运算。 我只有一个化学结构的SDF文件。我不确定如何添加第二个化学结构文件。我想知道如何修改代码来添加第二个文件，并获得更好的相似性计算结果。 我使用的是Python 3.7和RDKit 2019.03.4。

  以下是参考资料:

  RDKit是一个用于化学结构计算的Python模块，可用于创建，表示和处理化学结构。

  1.对于“这个代码”，请将实际代码或代码片段添加到问题中，以便更好地理解您的问题。

  2.请提供更多关于无法运算的信息，例如错误消息或任何警告消息。

  3.您是如何定义和计算化学结构相似性的？请提供更多详细信息，例如您使用的指标和方法。

  4.如果您需要添加第二个化学结构文件进行运算，请说明如何添加，并希望获得哪些特定的意见或建议。

  5.您是否可以提供更多关于您的工作环境（例如， 操作系统、Python版本、RDKit版本等）的信息？

  解答：

  1.很遗憾，您没有提供任何代码或参考资料，因此无法确定您目前的问题所在。

  2.同样地，由于缺乏代码和数据，无法确定存在哪些具体问题。

  3.在RDKit中，可以使用分子指纹和相似度指标来定义和计算化学结构相似性。

  在指纹之间比较相似性时，可以使用Tanimoto系数作为相似度指标。Tanimoto系数是指在两个分子之间公共特征比例的比值，即重叠特征数除以特征的总数。在RDKit中，可以使用Morgan指纹来生成分子指纹。

  适用场景:

  1. 分子库筛选

  2. 异构体判别

  3. 分子结构敏感性分析

  示例代码：

  from rdkit import Chem
  
  # 读取SDF文件
  suppl = Chem.SDMolSupplier('file1.sdf')
  
  # 生成Morgan指纹
  fp_morgan = [Chem.GetMorganFingerprintAsBitVect(m, 2, nBits=1024) for m in suppl]
  
  # 计算相似度
  from rdkit import DataStructs
  
  similarity = DataStructs.TanimotoSimilarity(fp_morgan[0], fp_morgan[1])
  

  4.要添加第二个文件，您可以使用SDMolSupplier类创建第二个供应对象，类似于上面的代码。关于添加第二个文件后如何进行相似性计算，还需要详细了解您的具体流程和需求。您可以将您的代码和数据添加到问题描述中，以便更好地了解您面临的问题和需要解决的问题。

  5.根据您提供的信息，您的操作系统是未知的，Python版本是3.7，RDKit版本是2019.03.4。如果您的问题没有得到解决，建议提供更多细节信息来帮助回答您的问题。

如果你已经解决了该问题, 非常希望你能够分享一下解决方案, 写成博客, 将相关链接放在评论区, 以帮助更多的人 ^-^