Structure做群体结构分析

Question

Structure做群体结构分析
用hmp数据做Structure的时候，要用数字1234代替AGCT，缺失为-9，我的hmp数据中有Y和R，请问用什么代替呢？

Answer 1

在Structure软件中，通常使用数字代替AGCT碱基，缺失值为-9。对于Y和R碱基，可以使用以下方式进行替换：

• Y碱基可以表示C/T的混合，可以将其用数字5来代替。
• R碱基可以表示A/G的混合，可以将其用数字6来代替。

因此，在使用Structure分析hmp数据时，您可以将Y碱基替换为数字5，将R碱基替换为数字6，并将其它碱基（A、C、G、T）替换为1、2、3、4四个数字中的一个。请注意，在替换后，您需要将数据保存为Structure软件支持的输入格式，例如PED格式或PLINK格式，然后在Structure软件中进行进一步的分析。