gromacs使用genion命令后出现No more replaceable solvent!

Question

Processing topology
Replacing 2 solute molecules in topology file (cnt.top) by 1 NA and 1 CL ions.

Back Off! I just backed up cnt.top to ./#cnt.top.4#
Using random seed -1410093481.

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Program: gmx genion, version 2021.4-Ubuntu-2021.4-2
Source file: src/gromacs/gmxpreprocess/genion.cpp (line 155)

Fatal error:
No more replaceable solvent!

Answer 1

这个错误表示在用genion命令替换溶剂的过程中,找不到可以被替换的溶剂原子了。有几个可能的原因:

1. 溶剂模型定义不正确。xn--cnt-tu9d84iww0b8zah2nz4ftocvt8dn33d.top,确保SOL分子类型被正确定义,且溶剂原子的数量满足需要替换的离子数量。
2. 溶剂的数量不足。需要更多的溶剂分子来提供足够的空位用于放置离子。可以增加box size以容纳更多溶剂分子。
3. 溶剂分布太紧密,没有空位可以放置离子。可以增加离子放置的随机抖动强度,以找到空位。commands:
   gmx editconf -f conf.gro -o box.gro -d 1.0 # 增加box size
   gmx solvate -cp box.gro -cs spc216.gro -o solv.gro -p topol.top # 增加溶剂
   gmx genion -s solv.gro -p topol.top -o ion.gro -neutral -conc 0.15 -sd 1.0 # 增加随机抖动强度
   这些命令可以尝试解决这个问题。如果仍然不行,请提供更多细节,比如具体的输入文件,GROMACS版本等,方便进一步debug。