生物信息学软件分析可变剪切

Question

导师给了一段cDNA代码，有没有人能指导下怎么用suppa去分析这段代码的可变剪切啊（ps：毫无基础，网上的教学真的看不懂啊，有没有能够详细一点的步骤啊）

Answer 1

分析可变剪切的基本步骤如下:

1. 安装suppa软件
   pip install suppa
2. 准备输入文件,需要cDNA序列文件(fasta格式)
3. 运行suppa,生成可变剪切事件统计结果
   suppa.py generateEvents -i cDNA.fasta -o events_out
   这会生成events_out文件夹,里面包含所有可变剪切事件的统计,如ES事件、A5事件等。
4. 查看结果
   可以用suppa的plotPs作图功能,查看统计结果:
   suppa plotPs -e events_out/
   这会画出各类可变剪切事件的柱状图。
5. 分析感兴趣的可变剪切事件
   可以针对感兴趣的事件类型(如ES事件),提取详情并进行差异分析:
   suppa selectEvents -e events_out/ -t ES -o ES_events
   suppa diffSplice -e1 ES_events/condition1 -e2 ES_events/condition2 -o ES_diff
   以上是利用suppa进行可变剪切分析的基本流程,需要根据实际情况调整参数,详细使用方法可以参考suppa的文档:
   https://bitbucket.org/regulatorygenomicsupf/suppa/src/master/
   如果没有编程基础,建议先学习一下Python和生信分析基本知识,再进行可变剪切或其他分析,这样可以更好地理解分析过程。