orthofinder什么影响单拷贝同源基因Single_Copy_Orthologue_Sequences的数量？

Question

orthofinder什么影响单拷贝同源基因Single_Copy_Orthologue_Sequences的数量？
四个组别的蛋白质序列faa文件分别进行orthofinder时都有Single_Copy_Orthologue_Sequences，有的几个有的几十个，但是四个组别的蛋白质序列放一起，一共两百多个faa文件一起进行orthofinder，结果的Single_Copy_Orthologue_Sequences为0，什么原因？

Answer 1

有可能是缺失基因的原因，在合并的蛋白质序列文件中可能存在缺失的基因。如果某个单拷贝同源基因在其中某些组别的蛋白质序列文件中缺失了，那么它可能无法被认定为单拷贝同源基因。