Gnina1.0 的复现代码该如何操作？

Question

Gnina1.0的这三个函数该怎么使用？
make_gnina_cmds.py
Generates a file that will run the specified Gnina parameter sweeps. Requires a space-delimited file that lists receptor, ligand, autobox_ligand, and the prefix of the Gnina output file.

obrms_calc.py
Calculates the RMSD from the poses in the Gnina output files to the known ligand binding pose using OpenBabel's obrms tool. Requires the Gnina command file generated by make_gnina_cmds.py

coalescer.py
Creates a master csv containing rmsd information and scores output by Gnina.

Answer 1

这三个函数的使用方法如下：

make_gnina_cmds.py： 该函数用于生成一个文件，该文件将运行指定的Gnina参数扫描。它需要一个以格分隔的文件，该文件列出了受体、配体、自动包围框体和Gnina输出文件的前缀。
使用方法：

python make_gnina_cmds.py input_file output_file
其中，input_file是包含受体、配体等信息的输入文件路径，output_file是生成的Gnina命令文件的输出路径。

obrms_calc.py： 该函数使用OpenBabel的obrms工具，计算从Gnina输出文件中的姿态到已知配体结合位点的RMSD。它需要由make_gnina_cmds.py生成的Gnina命令文件作为输入。
使用方法：

python obrms_calc.py gnina_command_file
其中，gnina_command_file是由make_gnina_cmds.py生成的Gnina命令文件的路径。

coalescer.py： 该函数创建一个主CSV文件，其中包含Gnina输出的RMSD信息和得分。
使用方法：

pythonalescer.py input_directory output_file
其中，input_directory是包含Gnina输出文件的目录路径，output_file是生成的主CSV文件的输出路径。