othofinder跑出来结果缺少single_copy_othologue_sequences.
我用了30个物种,othofinder跑出来13个文件夹都有东西,但是只有Single_Copy_Orthologue_Sequences 文件夹是空的,为什么呀?是我的30个物种的原始蛋白序列有问题吗?我恰好要用单拷贝基因进行构树🌲?
nohup orthofinder -f species7.29/ -t 16 -a 16
othofinder跑出来结果缺少single_copy_othologue_sequences.
我用了30个物种,othofinder跑出来13个文件夹都有东西,但是只有Single_Copy_Orthologue_Sequences 文件夹是空的,为什么呀?是我的30个物种的原始蛋白序列有问题吗?我恰好要用单拷贝基因进行构树🌲?
nohup orthofinder -f species7.29/ -t 16 -a 16
如果30个物种的原始蛋白序列存在错误或缺失,这可能会影响Orthofinder的结果。所以要检查下。
其次,在看下使用的参数是否正确,并确保它们与你的数据集和目标相匹配。
或者看看使用的Orthofinder版本与数据文件是否兼容