rickplug 2023-07-29 23:30 采纳率: 0%
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othofinder跑出来结果缺少

othofinder跑出来结果缺少single_copy_othologue_sequences.
我用了30个物种，othofinder跑出来13个文件夹都有东西，但是只有Single_Copy_Orthologue_Sequences 文件夹是空的，为什么呀？是我的30个物种的原始蛋白序列有问题吗？我恰好要用单拷贝基因进行构树🌲？

nohup orthofinder -f species7.29/ -t 16 -a 16

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  • 阳光宅男xxb 2023-08-04 11:07
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    如果30个物种的原始蛋白序列存在错误或缺失，这可能会影响Orthofinder的结果。所以要检查下。
    其次，在看下使用的参数是否正确，并确保它们与你的数据集和目标相匹配。
    或者看看使用的Orthofinder版本与数据文件是否兼容

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