EBI数据库用aspera下载报错怎么办,感觉代码没有写错(
还有其他下载方法嘛,下载几十个G的数据得下载一天多,好难。
EBI数据库用aspera下载报错怎么办,感觉代码没有写错(
还有其他下载方法嘛,下载几十个G的数据得下载一天多,好难。
【以下回答由 GPT 生成】
首先需要根据报错信息判断问题来源,"ascp: host remote no specified"表示ascp命令中没有指定远程主机。根据提供的代码片段,我们可以看到era-fasp@fasp.sra.ebi.ac.uk
是远程主机,但是远程路径部分/vol1/fastq/SRR148/034/SRR14851334/SRR14851334_1.fastq.gz/
可能是不完整的或者存在错误。
解决方法如下:
检查远程路径是否正确:请确认/vol1/fastq/SRR148/034/SRR14851334/SRR14851334_1.fastq.gz/
是正确的路径。建议直接访问EBI数据库的网站,尝试手动下载一些数据文件,以确认路径的正确性。
检查ascp命令是否正确:确认ascp命令中的远程主机和路径是否正确,尤其要注意末尾是否有多余的斜杠“/”。
如果以上两步都确认无误,但问题仍未解决的话,可能需要进一步检查网络连接和ascp软件是否正常使用。由于ascp是EBI官方推荐的下载工具,一般情况下它的下载速度应该是很快的。
另外,如果希望寻找其他更快的下载方法,可以考虑使用常见的下载工具,比如wget或curl,这些工具都有良好的稳定性和速度。
下面是使用wget和curl的示例代码:
使用wget下载:
wget -O /home/llxka/fzc/fastq.gz ftp://ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/SRR148/034/SRR14851334/SRR14851334_1.fastq.gz
使用curl下载:
curl -o /home/llxka/fzc/fastq.gz ftp://ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/SRR148/034/SRR14851334/SRR14851334_1.fastq.gz
以上代码中,使用了ftp协议下载数据,速度可能会比aspera更慢,但可能比aspera下载的速度要快。请根据自己的具体情况选择适合的下载方法。
希望对你有帮助!如果还有其他问题,请随时提问。