Ubuntu22.04安装htseq出现的问题

Question

Ubuntu22.04安装htseq出现的问题
我现在在Ubuntu22.04，linux下安装htseq，但我安装时系统提示说要安装htseq的Python版本需在3.7+，所以我搜索了很多安装的教程，并成功进行了安装，但是我安装后还是不能使用这个python，系统一直默认是miniconda条件下的Python2，我就把这些都删了，然后打算更新miniconda里的Python，就一直有问题。十分感谢

然后有看到一个博主使用了vim .condarc命令后出现以下界面，不知道怎么修改

这个是激活是出现的问题

谢谢，初出茅庐，感谢帮助

Answer 1

我安装的是：Ubuntu 20.04.6 LTS (GNU/Linux 5.15.90.4-microsoft-standard-WSL2 x86_64)
自带python3.8.10
hann@HannYang:~$ python3
Python 3.8.10 (default, May 26 2023, 14:05:08)
[GCC 9.4.0] on linux

htseq软件我没用过，请参阅：

（1）安装htseq软件
conda install htseq
（2）htseq-count ，下载酵母基因注释文件gff格式,或者gtf格式，只要把FTP地址中改成gff，gtf即可。
路径：~/data/yeastproject/ref/Saccharomyces_cerevisiae.R64-1-1.47.gff3
（3）新建一个文件夹read_count，在analysis目录下
(4)htseq-count
路径：~/analysis/read_aln/3b_strain_2.srt.bam

htseq-count -f bam -r pos ~/analysis/read_aln/3b_strain_2.srt.bam ~/data/yeastproject/ref/Saccharomyces_cerevisiae.R64-1-1.47.gtf > 3b_strain_2.count.tab
输出一个3b_strain_2.count.tab文件
将两个空白对照和三个样本数据都进行一个计数处理
（5）将5个计数后的count.tab文件进行合并：
用python写脚本的方式
在read_counts目录下新建一个scripts文件夹，在此文件夹里写入一个脚本文件

vi merge_read_count.py
建好这个文本文档，准备在里面输入编程程序

（6）read_count下，在linux命令行里输入

python scripts/merge_read_count.py EV_strain_3.count.tab,EV_strain_4.count.tab,3b_strain_2.count.tab,3b_strain_3.count.tab,3b_strain_4.count.tab EV_strain_3,EV_strain_4,3b_strain_2,3b_strain_3,3b_strain_4
意思是：python这个脚本文件（.py），把五个.tab文件依次对应输出名字为这几个名字。一一对应不要搞错。
每次修改.py里的内容，python出来的结果都会不一样。
（7）写程序
vi xxxxxxxxxx.py

import sys
sample_counts = sys.argv[1]
sample_names = sys.argv[2]

count_files = sample_counts.split(",")
sample_ids = sample_names.split(",")

#print(count_files)
count_dict = {}
for count_file in count_files:
    with open(count_file) as count:
        for line in count:
            if line.startwith("__"):
                continue
            line = line.rstrip("\n")
            ele = line.split("\t")
            #print(ele)
            if ele[0] in count_dict:
                count_dict[ele[0]].append(ele[1])
            else:
                count_dict[ele[0]] = [ele[1]]
print("gene_id\t" + "\t".join(sample_ids))
for gene_id in count_dict:
    #print(count_dict[gene_id])
    print(gene_id + "\t" + "\t".join(count_dict[gene_id]))

网上搬来的，如有帮助请给个采纳。谢谢