结构变异syri报错

Question

根据下面的代码，我用mummer比较两个基因组得到out.delta，用syri处理它们得到filter和coords文件，然后用syri检测sv报错：Reading coords - ERROR - aDir can only have values 1。

nucmer --mum -c 100 -b 500 -l 50 /home/zzy/Genome/Red_crucian_carp.genome.fasta /home/zzy/Genome/common_carp.genome.fna
delta-filter -1 -m -i 90 out.delta > out.filtered.delta
show-coords -THrcld out.filtered.delta > out.filtered.coords
syri -c out.filtered.coords -d out.filtered.delta -r ref.fasta -q qur.fasta

我想知道这是不是因为参考基因组是染色体水平，而另一个不是。

Answer 1

【以下回答由 GPT 生成】

根据你提供的问题，可以看出你在使用syri处理比对结果时出现了错误。错误提示中提到的"aDir can only have values 1"表示在读取coords文件时，出现了aDir参数值不正确的问题。

在了解问题的具体原因之前，我需要先对你提供的代码进行分析。首先，你使用nucmer命令进行了两个基因组的比对，然后使用delta-filter进行筛选，最后使用show-coords生成coords文件。根据这些步骤，目前看并没有出现问题。

接下来，你使用syri命令进行结构变异检测时出现了错误。根据你的怀疑，问题可能出在参考基因组的染色体水平不一致。

针对这个问题，我建议你先查看一下参考基因组和被比对基因组的格式和类型是否一致。特别是检查一下这两个基因组是否都是染色体水平的。你可以使用fasta格式检查工具（比如BioPython库）来分析基因组的序列类型。如果发现有不一致的地方，可以尝试使用合适的工具将其转换为染色体水平的序列。

如果发现基因组格式和类型是一致的，那么问题可能需要更深入的调查。syri工具有很多参数可以调整，你可以查看其文档，尝试调整一些参数值，以排除这种错误。

如果以上方法仍然没有解决问题，那么可能需要提交该问题给syri的开发者，以获取进一步的支持和帮助。

总结起来，我无法确定问题的具体原因和解决方案，但你可以通过检查基因组的格式和类型是否一致，以及尝试调整syri工具的参数值来解决这个问题。希望我的答复对你有所帮助。

如果你已经解决了该问题, 非常希望你能够分享一下解决方案, 写成博客, 将相关链接放在评论区, 以帮助更多的人 ^-^