怎么用kraken2

Question

实在是不会用kraken2了，跟着找到的资源一步步做还是出错。不知道怎么办了 能给指点一下吗
1 我下载的是minikraken8-GB的数据库
2 已经解压了 我用kraken2-build --build命令提示我少taxonomy 文件
3下载完taxonomy 后 在分类后出现

要是从头做的话 我应该每天都运行什么命令才能行呢

Answer 1

关于使用Kraken2进行序列分类的问题。以下是一些指导，希望对您有所帮助。

1.下载和设置Kraken2数据库
您已经下载了minikraken8-GB的数据库，这是一个很好的开始。确保将数据库文件解压到您的计算机上的一个目录中。

2.构建Kraken2数据库
您使用kraken2-build --build命令提示缺少taxonomy文件，这是因为您尚未提供正确的taxonomy文件给Kraken2。要解决这个问题，您需要下载正确的taxonomy文件并将其放在正确的位置。

请按照以下步骤操作：

a. 下载taxonomy文件。您可以从NCBI（National Center for Biotechnology Information）网站下载最新的taxonomy文件（通常以.tax或.tar.gz格式提供）。确保下载正确的文件，因为不同版本的taxonomy文件可能会导致问题。

b. 将taxonomy文件放到正确的位置。将下载的taxonomy文件复制到Kraken2数据库目录下的tax目录中。确保文件名与已有的taxonomy文件名相同。

c. 重新构建Kraken2数据库。在Kraken2数据库目录下运行以下命令：

go
kraken2-build --rebuild
这将重新构建Kraken2数据库，并使用您提供的taxonomy文件。

3.处理分类结果中的sequence unclassified
如果在分类过程中出现sequence unclassified，这可能是因为您的序列在Kraken2数据库中没有匹配的条目，或者匹配的条目不足以进行分类。您可以尝试以下方法来处理这个问题：

a. 确保您的序列数据是正确的。请检查您的序列数据是否完整、准确，并且格式正确（例如，DNA序列应该是DNA字符，而不是蛋白质序列）。

b. 扩大您的搜索范围。您可以尝试使用更大的Kraken2数据库，以提供更多的搜索条目。例如，您可以尝试使用minikraken2或其他更大的数据库。

c. 使用其他工具进行分类。如果Kraken2无法正确分类您的序列，您可以尝试其他工具，例如Centrifuge或Galaxy中的工具。

希望这些指导能够帮助您解决问题并成功使用Kraken2进行序列分类。如果您仍然遇到困难，请随时提问并分享更多细节，以便我们更好地帮助您。