脚本1求解cd到目录了

Question

脚本1：
perl /mnt/sdb/share/bin/find_identical.pl
数据路径：/mnt/sdb/share/bin/linux-demo/program/table

1. 查看两个table表之间基因共有ID，各自特有ID，如果共有分别输出各自共有的结果和合并的共有结果，数据1.DEG.xls，2.DEG.xls
2. 查找pep.faa文件和1.DEG.xls第一列共有的编号，分别输出共有，特有的结果
3. 1.DEG.xls第一列基因编号加上功能描述， 没有功能的用 - 替代； 基因功能文件：all.gene.func.txt
4. 找出snp.anno.xls文件内targetScanS ,esp6500si_all , GnomAD_EAS_AF, CADD表头分别位于第几列，并输出
5. 去除snp.anno.xls文件内Ori_REF,Ori_ALT, shared_hom, shared_het, OMIM这些列

脚本2：
perl /mnt/sdb/share/bin/deal_fa.pl
数据路径：/mnt/sdb/share/bin/linux-demo/program/fasta
要求：

1. 过滤掉长度1000bp一下的序列
2. 提取目标区域（region.txt）内的序列
3. 计算每个scaffold序列的长度
4. 以100bp为窗口计算scaffold窗口内的GC含量
5. scaffold序列基本信息统计（N50，N90，最大长度，最小长度等）
6. 以300个N链接scaffold序列
7. scaffold的拆分为contig
8. 每两个序列拆分为一个文件
9. 反向互补scaffold的序列
10. 把不标准的scaffold的序列变成标准的scaffold的序列
11. fasta文件转化为fastq格式文件
12. 修改fasta序列前缀名称；前缀为： part

Answer 1

看起来你提供的两个脚本是Perl语言编写的，用于处理和解析不同的文件类型，包括Excel文件、FASTA文件和ANNO文件等。根据你的描述，这两个脚本似乎没有直接的依赖关系，因此我无法确定他们是否可以一起执行。不过，我可以帮助你理解每个脚本的功能，并为你提供每个脚本的大致实现思路。

1. 脚本1：find_identical.pl
   这个脚本似乎是用来查找两个表格（或Excel文件）之间共有和特有的基因ID，以及相关的功能描述。具体实现可能需要借助Excel处理库（如Excel::Writer或LibreOffice），用于读取和写入Excel文件；以及可能还需要使用一些生物信息学库，比如BioPerl，用于处理基因和蛋白质序列等。
2. 脚本2：deal_fa.pl
   这个脚本看起来是用来处理FASTA文件，并进行一些列的统计分析，包括过滤序列长度，提取目标区域，计算序列长度，GC含量等。你需要使用一些生物信息学库（如BioPerl或Bioperl-Ext）来解析和处理FASTA文件；以及一些用于数据处理和统计分析的Perl库。

为了实现这些功能，你可能需要对Perl语言有一定的熟悉度，并且需要掌握一些基础的生物信息学知识和技能。如果你对Perl还不熟悉，我推荐你首先学习Perl语言的基础知识，包括变量、控制流、子程序、数组、文件I/O等。然后再学习一些相关的生物信息学库和工具，以便你可以更准确地理解和实现你的脚本。