在 deal-fa.pl 找对应的指令 求解

Question

脚本2：
perl /mnt/sdb/share/bin/deal_fa.pl
数据路径：/mnt/sdb/share/bin/linux-demo/program/fasta
要求：

1. 过滤掉长度1000bp一下的序列
2. 提取目标区域（region.txt）内的序列
3. 计算每个scaffold序列的长度
4. 以100bp为窗口计算scaffold窗口内的GC含量
5. scaffold序列基本信息统计（N50，N90，最大长度，最小长度等）
6. 以300个N链接scaffold序列
7. scaffold的拆分为contig
8. 每两个序列拆分为一个文件
9. 反向互补scaffold的序列
10. 把不标准的scaffold的序列变成标准的scaffold的序列
11. fasta文件转化为fastq格式文件
12. 修改fasta序列前缀名称；前缀为： part

Answer 1

【以下回答由 GPT 生成】

是的，您所描述的内容正确无误。以下是针对每个问题的解决方案：

1. 过滤掉长度小于1000bp的序列：

awk 'BEGIN{RS=">";ORS=""}{if(length($0)>1000)print ">"$0}' input.fasta > output.fasta

1. 从region.txt文件中提取目标区域内的序列：

bedtools getfasta -fi input.fasta -bed region.txt -fo output.fasta

1. 计算每个scaffold序列的长度：

awk '/^>/ {if (seqlen){print seqlen}; print; seqlen=0; next;} { seqlen += length($0); } END {print seqlen}' input.fasta > output.txt

1. 使用100bp的窗口计算scaffold窗口内的GC含量：

bedtools nuc -fi input.fasta -bed windows.bed > output.txt

1. 对scaffold序列进行基本信息统计，如N50、N90、最大长度、最小长度等：

biopython 或其他第三方库可以进行此项统计

1. 使用300个N将scaffold序列连接起来：

awk '/^>/ {if (seqlen){print "\n" }; print; seqlen=0; next;} { seqlen += length($0); printf("%s", $0); } END {print }' input.fasta | awk -vRS="" '{gsub (/\n/,"NNNNNNNNN\n"); print }' > output.fasta

1. 将scaffold拆分为contig：

awk '/^>/{s=++i".fasta"} {print > s}' RS=">" input.fasta

1. 将每两个序列拆分为一个文件：

split -l 2 input.fasta

1. 对scaffold序列进行反向互补操作：

seqtk seq -r input.fasta > output.fasta

1. 将不符合标准的scaffold序列转换为标准的scaffold序列：

biopython 或其他第三方库可以进行此项操作

1. 将fasta文件转化为fastq格式文件：

awk '/^>/ {print $0"@seq"}; /^[^>]/ {print $0"+\n""~"}' input.fasta > output.fastq

1. 修改fasta序列的前缀名称，将前缀改为"part"：

awk '/^>/{print ">part" ++i; next}{print}' input.fasta > output.fasta

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