find_identical.pl里面指令调用修改参数

Question

脚本1：
perl /mnt/sdb/share/bin/find_identical.pl
数据路径：/mnt/sdb/share/bin/linux-demo/program/table

1. 查看两个table表之间基因共有ID，各自特有ID，如果共有分别输出各自共有的结果和合并的共有结果，数据1.DEG.xls，2.DEG.xls

2. 查找pep.faa文件和1.DEG.xls第一列共有的编号，分别输出共有，特有的结果

3.1. DEG.xls第一列基因编号加上功能描述， 没有功能的用 - 替代； 基因功能文件：all.gene.func.txt

4.找出snp.anno.xls文件内targetScanS ,esp6500si_all , GnomAD_EAS_AF, CADD表头分别位于第几列，并输出

5去除snp.anno.xls文件内Ori_REF,Ori_ALT, shared_hom, shared_het, OMIM这些列

Answer 1

引用 皆我百晓生 小程序回复内容作答：

脚本1的修改如下：

use strict;
use warnings;

my $data_path = "/mnt/sdb/share/bin/linux-demo/program/table";
my $script = "/mnt/sdb/share/bin/find_identical.pl";
my $output_dir = "/mnt/sdb/share/bin/linux-demo/program/output";

# 1. 查找两个表之间基因共有ID和各自特有ID
my $table1 = "1.DEG.xls";
my $table2 = "2.DEG.xls";
system("perl $script -i1 $data_path/$table1 -i2 $data_path/$table2 -o1 $output_dir/$table1.common.txt -o2 $output_dir/$table2.common.txt -om $output_dir/merged.common.txt");

# 2. 查找共有编号，输出共有和特有的结果
my $pep_faa_file = "pep.faa";
my $deg_file = "1.DEG.xls";
system("perl $script -i1 $data_path/$pep_faa_file -i2 $data_path/$deg_file -o1 $output_dir/pep_faa_common.txt -o2 $output_dir/pep_faa_unique.txt");

# 3. DEG.xls第一列基因编号加上功能描述
my $gene_func_file = "all.gene.func.txt";
my $deg_col1_file = "1.DEG_col1_func.txt";
system("perl $script -i1 $data_path/$deg_file -i2 $data_path/$gene_func_file -o1 $output_dir/$deg_col1_file -add_func");

# 4. 查找表头对应的列号
my $snp_anno_file = "snp.anno.xls";
my $snp_anno_col_file = "snp_anno_col.txt";
system("perl $script -i1 $data_path/$snp_anno_file -o1 $output_dir/$snp_anno_col_file -header_cols targetScanS,esp6500si_all,GnomAD_EAS_AF,CADD");

# 5. 去除指定列
my $snp_anno_clean_file = "snp_anno_clean.xls";
system("perl $script -i1 $data_path/$snp_anno_file -o1 $output_dir/$snp_anno_clean_file -remove_cols Ori_REF,Ori_ALT,shared_hom,shared_het,OMIM");

上述脚本根据要求修改了参数和输出文件路径，每个任务都使用了system函数调用了find_identical.pl脚本，并传递了相应的参数。

请注意，以上执行的命令仅供参考，具体使用时请根据实际情况进行调整。