linux中跑ldsc出现问题munge_sumstats
ldsc出现图片中的报错,源代码如下:
$./munge_sumstats.py \
--sumstats XXXXX.txt
--out XXX
--merge-alleles w_hm3.snplist
不知道问题出在哪里?怎么修改,求大神教教
linux中跑ldsc出现问题munge_sumstats
$./munge_sumstats.py \
--sumstats XXXXX.txt
--out XXX
--merge-alleles w_hm3.snplist
不知道问题出在哪里?怎么修改,求大神教教
引用 皆我百晓生 小程序回复内容作答:
根据报错信息,问题出在你的sumstats文件中有太多的有符号的sumstat列,而ldsc无法正确处理这些列。解决这个问题的方法是使用--ignore标志来忽略其中一些列。
首先,你需要检查一下你的sumstats文件,确认其中确实存在多个有符号的sumstat列。
然后,你可以在运行ldsc命令时使用--ignore标志来忽略其中一些列,例如:
./munge_sumstats.py
--sumstats XXXXX.txt
--out XXX
--merge-alleles w_hm3.snplist
--ignore COLUMN_NAME_1,COLUMN_NAME_2
将COLUMN_NAME_1和COLUMN_NAME_2替换为你想要忽略的列的名称。
通过这样的修改,你应该能够成功运行ldsc命令。