ldsc出现问题munge_sumstats

Question

linux中跑ldsc出现问题munge_sumstats

ldsc出现图片中的报错，源代码如下：

$./munge_sumstats.py \

--sumstats XXXXX.txt
--out XXX
--merge-alleles w_hm3.snplist

不知道问题出在哪里？怎么修改，求大神教教

Answer 1

引用 皆我百晓生 小程序回复内容作答：
根据报错信息，问题出在你的sumstats文件中有太多的有符号的sumstat列，而ldsc无法正确处理这些列。解决这个问题的方法是使用--ignore标志来忽略其中一些列。

首先，你需要检查一下你的sumstats文件，确认其中确实存在多个有符号的sumstat列。

然后，你可以在运行ldsc命令时使用--ignore标志来忽略其中一些列，例如：

./munge_sumstats.py
--sumstats XXXXX.txt
--out XXX
--merge-alleles w_hm3.snplist
--ignore COLUMN_NAME_1,COLUMN_NAME_2

将COLUMN_NAME_1和COLUMN_NAME_2替换为你想要忽略的列的名称。

通过这样的修改，你应该能够成功运行ldsc命令。