程序3：提取基因组内基因序列并翻译为蛋白质， 默认密码子表

Question

程序3：提取基因组内基因序列并翻译为蛋白质， 默认密码子表
/mnt/sdb/share/bin/program_test/prog3_gff2pep
基因ref.gff文件得到基因的蛋白序列

Answer 1

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• 这有个类似的问题, 你可以参考下: https://ask.csdn.net/questions/7567474
• 你也可以参考下这篇文章：批处理、批量复制文件：复制文件夹及子文件下所有特定文件，并且复制存在特定文件的子文件夹
• 您还可以看一下 张先凤老师的《计算机体系结构—网络篇3、4》之IP分类与组成、网络标识、子网掩码、私网组建等课程中的 子网掩码1小节, 巩固相关知识点
  
• 除此之外, 这篇博客: 程序是怎么跑起来的——虚拟内存与动态链接中的 1.3.3.3 用例子来解释动态链接的过程 部分也许能够解决你的问题, 你可以仔细阅读以下内容或跳转源博客中阅读:
  

  其实，动态链接的过程可以看做静态链接的扩展，举个例子来解释：

  1. 首先客户只是提出了静态链接的需求——我需要链接，把不同的程序组成部分合成一个可执行的文件即可；然后，我们觉得使用最直观的方式解决——把各个分散在库中的函数扫描一遍，然后copy一份代码到客户源代码中，最后将得到的一个"超大"的处理过的源文件，最后汇编成二进制代码即可；直观简单，很美好；于是撸起袖子一顿猛虎操作，很愉快的完成了；客户看到程序能够执行，也很愉快；
  2. 但是，突然有一天，客户说机器全瘫痪了，然后一查发现内存耗尽了；结果查看日志发现一个叫puts的函数因为被频繁使用、而且频繁的实例化，服务器中出现大量重复的puts代码，最终耗尽了内存；
  3. 项目组马上开会讨论解决方案，大家一致觉得，静态链接不符合未来的需求，造成大量的内存浪费；而且客户的调用需求持续增长，而内存不能无限增长，所以需要将函数代码在各个进程间共享，从而节约内存，避免再次内存耗尽；这样一来，确定了解决方案的机制——库代码运行时多进程共享机制——也就是so（share object）机制；
  4. 然后拆解任务——A组做编译器的改造，B组做操作系统共享内存开发，C组做动态链接器；完事后大家联调，PM分解任务后，大家开始紧张的开发；
  5. 2个月后……A组扩展了ELF格式，增加了.interp，.dynamic，扩展了.got，.plt增加了对动态链接器的支持；B组完善了文件内存映射机制，用于高效加载大量的.so文件；C组完成了动态链接器的开发，跟B组对接，能加载大量的so文件到内存映射区；跟A组协商了如何在运行时通过懒加载方式重写动态函数的地址；
  6. 联调上线，got_test_dync成功编译、链接、加载运行。

  [root@localhost got_test]# ./got_test_dyn
  hello world
  

  嗯，客户很满意，不仅编译的可执行文件小了，启动多个进程也没压力了~

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