alili317 2023-11-24 20:50 采纳率: 33.3%
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tbss报错,perpoc后出现空文件夹

tbss报错,perpoc后两个文件夹为空,想问一下问什么,代码如下

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  • 专家-赤兔[在线] 优质创作者: 编程框架技术领域 2023-11-24 21:02
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    问题描述:
    在运行tbss的preproc步骤时,报错imglob: not found,并且生成的两个文件夹是空的。

    问题分析:

    1. 报错信息指出imglob命令未找到,这可能是由于FSL软件包未正确安装或配置不正确导致的。
    2. 空文件夹可能是由于tbss preproc步骤未正常运行或配置错误导致的。

    解决方案:

    1. 确保FSL软件包已正确安装并正确配置。
    2. 检查FSL软件包的安装路径是否正确,确保路径被正确添加到系统的环境变量中。
    3. 检查tbss_1_preproc脚本是否可用并具有执行权限。
    4. 检查输入图像文件的格式是否正确,并且文件路径是否正确指定。
    5. 检查运行tbss_1_preproc命令时是否遵循正确的语法格式。

    以下是一个示例代码,用于运行tbss_1_preproc脚本进行TBSS预处理:

    import os
    
    # 定义FSL的安装路径
    fsl_path = "/usr/local/fsl"
    
    # 添加FSL的执行路径到系统的环境变量
    os.environ["PATH"] += os.pathsep + fsl_path + "/bin"
    
    # 设置输入图像文件路径
    input_files = "/mnt/hgfs/Data/DTI/*.nii.gz"
    
    # 创建输出文件夹
    output_folder = "/mnt/hgfs/Data/DTI/TBSSS"
    if not os.path.exists(output_folder):
        os.makedirs(output_folder)
    
    # 运行tbss_1_preproc命令
    command = f"{fsl_path}/bin/tbss_1_preproc {input_files}"
    os.system(command)
    

    请根据实际情况修改示例代码中的路径和文件名,并确保FSL软件包路径、输入图像文件路径和输出文件夹路径等设置正确。

    如果问题仍然存在,请提供更多的错误信息以及相关代码和配置文件,以便更加具体地定位和解决问题。

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