plink在进行gwas分析时总读取不到表型

Question

由于自己输入的file文件中不含表型,因此使用-pheno来加入表型，但是总会有提示如下：

Options in effect:
  --bfile 01gwas
  --logistic
  --out result
  --pheno vor.txt
0 phenotype values present after --pheno.
Using 1 thread (no multithreaded calculations invoked).
Before main variant filters, 611 founders and 0 nonfounders present.
Calculating allele frequencies... done.
Total genotyping rate is 0.924882.
216311 variants and 611 people pass filters and QC.
Note: No phenotypes present.
Warning: Skipping --logistic since less than two phenotypes are present.

而我本身表型数据是txt文件，文件包含id和表型两部分,表型设置为0、1以及NA，请问为什么会出现这种错误

Answer 1

如何使用plink进行二分类性状的GWAS分析并计算PRS得分-CSDN博客 文章浏览阅读1.6k次，点赞2次，收藏11次。这篇博客，用之前GWAS教程中的示例数据，把数据分为Base数据和Target数据，通过plink运行二分类的logistic模型进行GWAS分析，然后通过PRSice-2软件，进行PRS分析。最终，选出最优SNP组合，并计算Target的PRS得分，主要结果如下：最适合的SNP个数是133个，R2位0.232258，P值为0.014上面数据中，个体的PRS为正值，说明风险高，为负值，说明风险低。正文数据使用GWAS分析教程中的数据。 https://blog.csdn.net/yijiaobani/article/details/127488997