plink在进行gwas分析时总读取不到表型

Question

由于自己输入的file文件中不含表型,因此使用-pheno来加入表型，但是总会有提示如下：

Options in effect:
  --bfile 01gwas
  --logistic
  --out result
  --pheno vor.txt
0 phenotype values present after --pheno.
Using 1 thread (no multithreaded calculations invoked).
Before main variant filters, 611 founders and 0 nonfounders present.
Calculating allele frequencies... done.
Total genotyping rate is 0.924882.
216311 variants and 611 people pass filters and QC.
Note: No phenotypes present.
Warning: Skipping --logistic since less than two phenotypes are present.

而我本身表型数据是txt文件，文件包含id和表型两部分,表型设置为0、1以及NA，请问为什么会出现这种错误

Answer 1

该回答引用ChatGPT，望对题主有所帮助/启发；若有帮助，还望采纳。

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根据你提供的信息，以及PLINK的提示信息，这个问题可能是由于表型文件的格式或内容不正确引起的。你可以尝试以下几个步骤来解决这个问题：

1. 确保表型文件的格式正确：表型文件应该是一个纯文本文件，包含两列，一列是ID，一列是表型值。确保每个ID在文件中是唯一的，并且表型值只包含0、1和NA。

2. 确保表型文件路径正确：在使用--pheno参数时，需要提供正确的表型文件路径。请检查路径是否正确，特别是文件的扩展名是否与实际文件格式一致（例如.txt）。

3. 确保表型文件内容符合PLINK的要求：在PLINK中，对于二元逻辑回归（logistic regression）分析，表型值应该是二分类的，即只含有0和1。确保你的表型文件中只包含这两个值，并且没有其他非法的数值。

4. 检查表型文件中是否存在空白行或注释行：如果表型文件中存在空白行或以注释符号（如#）开头的行，PLINK可能无法正确读取表型数据。请确保表型文件中只包含有效的数据行，并删除空白行和注释行。

如果经过以上步骤后仍然无法解决问题，可能需要进一步检查PLINK的版本和参数设置，以及确认PLINK是否支持你使用的数据格式。此外，你也可以参考PLINK的官方文档和用户手册，查找更多关于表型文件的要求和使用方法的信息。