Thinker¤ 2023-11-28 19:38 采纳率: 40%
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已结题

plink在进行gwas分析时总读取不到表型

由于自己输入的file文件中不含表型,因此使用-pheno来加入表型,但是总会有提示如下:

Options in effect:
  --bfile 01gwas
  --logistic
  --out result
  --pheno vor.txt
0 phenotype values present after --pheno.
Using 1 thread (no multithreaded calculations invoked).
Before main variant filters, 611 founders and 0 nonfounders present.
Calculating allele frequencies... done.
Total genotyping rate is 0.924882.
216311 variants and 611 people pass filters and QC.
Note: No phenotypes present.
Warning: Skipping --logistic since less than two phenotypes are present.

而我本身表型数据是txt文件,文件包含id和表型两部分,表型设置为0、1以及NA,请问为什么会出现这种错误

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  • 杨得江-君临天下wyj 2023-11-28 21:23
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    plink --bfile 01gwas --pheno vor.txt --logistic --out result
    
    
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