prefetch.3.0.3 int: file not found while opening manager within virtual file system module - VFSManagerOpenFileRead() failed
这是用option选中文件之后最后一步运行不了请问应该怎么解决
用prefetch下载ncbi批量数据
- 写回答
- 好问题 0 提建议
- 关注问题
分享- 邀请回答
-
0条回答 默认 最新
- 2025-09-02 17:05sratools工具提供了prefetch命令用于批量下载数据，且下载完成后，用户还需要将得到的文件拆分成常见的fastq.gz格式，以便进行进一步的分析。 除了sratools工具，研究者还可以选择使用Aspera软件进行下载。Aspera...
- 2025-06-30 11:41Avalon96的博客 大家在日常科研工作经常会需要通过查阅文献来获取我们需要的数据资源，下面我会通过一篇文章给大家介绍如何下载文章中的数据文件。
- 2025-09-02 17:06生物小卡拉的博客 下载安装软件后，整理需要下载数据的SRA号，然后使用prefetch命令可批量下载，下载完得到的文件需要进行拆分，才能得到常见的fastq.gz文件。 D. 使用Aspera软件进行下载： 可以批量下载。 熟悉使用Aspeara的可以...
- 2023-08-01 16:59暖begin的博客 通常情况下文章的高通量数据需要上传到NCBI的SRA（Sequence Read Archive）供大家下载学习，而我们也可以通过多种方法对数据进行下载再挖掘。如果仍然出现问题，请再次检查PATH设置是否正确，并确保在PATH中包含了...
- 2021-05-15 21:52毁男孩的小图纸的博客 目录一、使用NCBI的工具进行下载1...使用NCBI的工具进行数据下载2.1 命令的含义2.2 使用NCBI的工具下载数据2.3 批量获取想要下载的sra数据的编号二、使用其他工具进行数据下载1. wget -i进行批量下载2. 使用FileZill...
- 2021-05-10 07:08EditSprings论文润色的博客 Minus_yao 2018.04.25 yaoguocai_cool@163.com#从NCBI下载SRA数据,最近在疯狂下载宏基因组数据，试着解决一下这个问题~方法一：软件准备：使用ncbi提供的下载工具sratoolkit，下载到本地服务器上Wgethttps://ftp-...
- 2024-09-03 20:14让学习成为一种生活方式的博客 参考SRA ToolKit（v 3.1.1）安装和使用（Bioinformatics tools-032） 01 ... done 知识点：如何使用循环批量下载数据。 注：数据量较大，下载可能需要较长时间。在此期间，可以阅读文献并学习文章中使用的分析方法。
- 2023-10-12 17:14mumu1215的博客 fastq-dump --gzip --split-3 ...安装之后转到NCBI网页搜索需要的数据或者到SRA数据中查找，我下载的是SRA数据库中的SRR25474921（SRA中是原始测序数据）prefetch --option-file SRR_Acc_List.txt #下载多个SRA文件。
- 2021-05-12 08:46weixin_39618574的博客 md5sum -c校检码文件nohup prefetch --optio...
- 2021-05-14 10:24拐个王子回古墓的博客 直接看本文最下面下载脚本，区分SRR长度，下载fq一、prefetch 下载1. 打开NCBI数据库(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/)，在搜索框输入要查询的编号。2.在搜索结果中勾选你感兴趣的样本，选择右上角Send to – File ...
- 2018-04-26 22:15minus_yao的博客 Minus_yao 2018.04.25 yaoguocai_cool@163.com#从NCBI下载SRA数据,最近在疯狂下载宏基因组数据，试着解决一下这个问题~方法一：软件准备：使用ncbi提供的下载工具sratoolkit，下载到本地服务器上Wget ...
- 2025-07-02 11:30Gazellewood的博客 EntrezDirect (EDirect) 是NCBI提供的命令行工具，允许用户在Unix终端访问PubMed、基因、序列等数据库。通过安装脚本即可完成部署，主要包含esearch、elink、efilter和efetch等核心程序。esearch进行关键词检索，...
- 2023-02-10 12:26生信小博士的博客 【代码】geo 下载 从Linux系统下载geo的处理后的数据 非原始数据。
- 2022-03-24 19:14承豆的博客 隶属NCBI (National Center for Biotechnology Information)，它是一个保存大规模平行测序原始数据以及比对信息和元数据 (metadata) 的数据库，所有已发表的文献中高通量测序数据基本都上传至此，方便其他研究者下载...
- 2021-05-17 20:21明儿去打球的博客 记录下下载sra数据的历程。曲折啊。下载sra files的目的是为了获得相应的fastq或sam files，进而进行分析。第1选择 -- Aspera Connect 如果aspera connect不能下载，推荐sratoolkit的prefetch功能。尽量不要用wget或...
- 2022-10-21 16:44APExBIO的博客 Windows系统下载SRA数据方法——生信小白亲测可行
- 2020-09-14 20:57铭&婵旭的博客 造成我在linux环境下不能使用aspera下载，只好在Windows下，下载了再上传到linux服务器。 一、工具下载 1.从ncbi下载sratoolkit工具，打开ncbi，到这个界面根据系统下载你需要的sratoolkit，我是Windows 64位，...
- 2024-06-17 14:27生信直通车的博客 本系列计划介绍宏基因组的基础分类、数据下载与处理、分析流程以及实战等多个内容，尽可能将多的有效信息压缩，方便小白们快速系统了解宏基因组分析原理与流程，以及帮助关从业人员回顾分析知识。知识分享不易，欢迎...
- 2021-05-13 14:09老牛要图的博客 前言今天(3.12日)，想在NCBI上下载lncRNA数据，突然发现软件Aspera的ascp(报错：ascp: Failed to open TCP connection for SSH, exiting)下载不了。百度一波，这种问题很少。随后问了身边的小伙伴，大家都没及时回复...
- 2021-05-13 12:54I6and7的博客 本文属于转录组入门系列(RAN-seq基础入门传送门 http://www.biotrainee.com/thread-1750-1-1.html)第2部分内容，以一篇Nature文章为例，详细解读如何从NCBI下载高通量测序数据。文章AKAP95 regulates splicing ...
- 没有解决我的问题, 去提问
问题事件
系统已结题
12月14日
创建了问题
12月6日