GWAS表型和提取样本都错！求解答~

Question

求解答！
我原本的bim bed fam文件里没有表型，现在想添加表型，可是一直出错 （我的表型文件的格式是没有问题的，符合plink要求！）

另辟蹊径，我想提取部分样本来做GWAS，用以下命令：plink --bfile chr1 --keep extractID.txt --make-bed --out 11
结果是：Error: No people remaining after --keep.
~不知道是不是我的ID出了问题还是plink代码出了问题，请各位解答！

Answer 1

引自免费微信小程序：皆我百晓生

问题1: GWAS表型文件添加失败 根据你提供的信息，在运行过程中出现了以下错误：

0 phenotype values present after --pheno.

这个错误提示表明，在执行--pheno参数时，没有成功将表型文件的信息添加到你的bim bed fam文件中。

可能的原因和解决方法：

1. 表型文件格式不正确：虽然你已经确认表型文件的格式符合plink的要求，但还是需要再次检查确保格式正确。可参考plink官方文档中的表型文件格式要求。
2. 表型文件与样本文件不匹配：请确保表型文件以及bim bed fam文件中的样本ID是一致的。ID不匹配会导致无法正确添加表型信息。
3. 确认表型文件中存在有效数据：如果你的表型文件中没有有效数据（如全为缺失值），那么在添加表型信息时就会出现上述错误。请检查表型文件中的数据是否正确。

需要注意的是，plink的版本也可能会影响其功能和稳定性，请确保你正在使用的是最新版本的plink。

问题2: 提取样本失败 根据你提供的信息，在运行以下命令时出现了错误：

plink --bfile chr1 --keep extractID.txt --make-bed --out 11
Error: No people remaining after --keep.

这个错误提示表明，在执行提取样本的命令时，没有成功提取到样本，导致最终没有剩余样本。

可能的原因和解决方法：

1. extractID.txt文件中的样本ID有误：请仔细检查提供给--keep参数的extractID.txt文件中的样本ID是否正确。确保每个样本ID都与你的bim bed fam文件中的样本ID匹配。可以逐行对比两个文件中的样本ID以确定是否有误。
2. 检查样本ID是否包含在bim bed fam文件中：请确保提供给--keep参数的样本ID在你的bim bed fam文件中都存在。如果有任何一个样本ID不存在，plink就无法提取相应的样本。
3. 确认样本文件的格式是否正确：请确保你的样本文件（bim bed fam文件）的格式正确，以及文件路径是否正确。
4. 检查plink版本是否存在问题：像第一个问题一样，plink的版本也可能会影响其功能和稳定性，请确保你正在使用的是最新版本的plink。

希望以上解答对你有帮助！如果还有疑问，请随时追问。