关于#linux#的问题：做正选择分析时，fast基因序列中的终止密码子如何去除，序列中包含好多条序列

Question

用hyphy做正选择分析，要求核酸是3的倍数且不能有终止密码子，我的基因序列有好多组，总是出现序列有终止密码子的提示，且序列不是三的倍数，没有办法进行后续的分析，还请指教如何进行正确的比对

Answer 1

引自免费微信小程序：皆我百晓生

关于去除fastq基因序列中的终止密码子以及调整序列为3的倍数，你可以按照以下步骤进行操作：

1. 打开终端，进入包含基因序列的文件夹。

2. 使用以下命令安装biopython库（如果已安装请跳过）：

   pip install biopython
   

3. 创建一个新的文本文件，例如process_sequences.py，并使用文本编辑器打开该文件。

4. 将以下代码复制并粘贴到process_sequences.py文件中：

   from Bio import SeqIO
   
   def process_sequences(input_file, output_file):
       with open(output_file, "w") as output_handle:
           for record in SeqIO.parse(input_file, "fasta"):
               sequence = record.seq
               if len(sequence) % 3 != 0:
                   sequence = sequence[:-(len(sequence) % 3)]
               if "*" in sequence:
                   sequence = sequence.replace("*", "")
               output_handle.write(f">{record.id}\n{sequence}\n")
   
   if __name__ == "__main__":
       input_file = "input.fasta"  # 替换为你的输入文件名
       output_file = "output.fasta"  # 替换为你的输出文件名
       process_sequences(input_file, output_file)
   

5. 将上述代码中的input.fasta替换为你的输入文件名，将output.fasta替换为你期望的输出文件名。

6. 保存并关闭process_sequences.py文件。

7. 回到终端，执行以下命令运行脚本：

   python process_sequences.py
   

8. 脚本将会读取input.fasta文件，根据以下两个条件对每个序列进行处理：

   • 将序列调整为3的倍数（删除末尾多余的碱基）
   • 删除序列中的终止密码子（"*")

9. 处理后的序列将保存在output.fasta文件中。

现在，你可以使用处理后的output.fasta文件进行后续的正选择分析，确保序列长度为3的倍数且不包含终止密码子。希望能对你有所帮助！