多个.nii合并为.nii.gz格式

Question

如何将CAT12得到的多个被试的mwp1.nii合并为在一起，后缀为nii.gz，得到类似于FSL VBM结果GM_mod_merg_s?.nii.gz

换句话说，我需要的数据格式为GM_mod_merg_s?.nii.gz，但是我使用的CAT12做的VBM，结果是单个被试的.nii格式的文件，合并之后与我FSL VBM得到的是否一致。

Answer 1

引自免费微信小程序：皆我百晓生

在MATLAB中，合并多个.nii文件并转换为.nii.gz格式可以使用医学图像处理工具箱（如spm12或nifti-toolbox）来实现。以下是一个示例代码片段，说明如何将多个被试的mwp1.nii文件合并到一个名为GM_mod_merg_s001.nii.gz至GM_mod_merg_sXX.nii.gz的文件中：

% 假设你有一个包含所有被试mwp1.nii文件路径的cell数组
subjects = {'subject1/mwp1.nii', 'subject2/mwp1.nii', ..., 'subjectN/mwp1.nii'};
num_subs = length(subjects);  % 获取被试数量

for i = 1:num_subs
    % 加载每个被试的.nii文件
    img{i} = niiload(subjects{i});
    
    if i == 1
        % 初始化合并后的体积
        merged_vol = img{i}.img;
    else
        % 合并当前被试的数据到总体积中
        merged_vol(:,:, :, end+1) = img{i}.img;
    end
end

% 将合并后的数据写入新的nifti文件，并压缩为.nii.gz格式
merged_file_template = 'GM_mod_merg_s%.3d.nii.gz';
for s = 1:num_subs
    filename = sprintf(merged_file_template, s);
    hdr = spm_vol(img{1}.hdr);  % 使用第一个被试的头部信息作为模板
    hdr.dim(5) = num_subs;  % 修改第五维度（样本数）为被试总数
    niisave(hdr, merged_vol(:,:,:,1:s), filename);
end

这段代码首先加载每个被试的.nii文件，然后将其逐个堆叠到一个新的四维矩阵merged_vol中。最后，它会根据新的头部信息（修改了样本数）保存为.nii.gz格式。

请注意，合并前需要确保所有单个.nii文件的头部信息（如空间分辨率、坐标系统等）完全一致，以保证合并后结果的有效性和可比性。此外，尽管这里假设了所有的.nii文件可以直接堆叠在一起，但实际情况可能需要进行进一步的空间对齐和标准化操作，确保各被试间的VBM结果具有良好的空间对应关系，这一步通常在CAT12或者FSL VBM流程中就已经完成。所以，在合并之前，请确保你的数据已经过适当的预处理步骤。