bismark比对生成的BAM文件无内容

Question

做甲基化上游，使用bismark进行reads比对。
现已完成建立基因组索引的步骤，预备进行正式比对。
输入
bismark --bowtie2 --path_to_bowtie2 /home/huanlab/anaconda3/envs/rna/bin --genome /home/huanlab/Met/bismark/experiencedata/log SRR517837C.fastq
看似成功执行该指令，但是BAM文件和report文件都是无内容的，如下图所示

试了很多回，都一直这样。
bowtie2 版本2.51.和2.4.4都试过，目前bowtie2版本为2.4.4，bismark版本为0.24.2
请问大家有没有类似情况，又是如何解决的呢？感谢！

Answer 1

该回答引用自GPT-3.5,由博主GISer Liu编写：

根据您提供的问题描述，您在使用bismark进行reads比对时遇到了生成的BAM文件和report文件都无内容的情况。这可能是由于以下几个原因导致的：

1. 文件路径问题 ：请确保输入的文件路径是正确的，包括基因组索引文件和输入的fastq文件路径。在命令行中输入路径时，最好使用绝对路径而不是相对路径，以避免路径错误导致的问题。
2. 权限问题 ：检查一下您是否有权限在指定的目录中创建文件。有时候权限不足会导致无法写入文件，从而生成空文件。
3. 输入文件格式问题 ：确认一下输入的fastq文件是否符合bismark的要求，格式是否正确。可以使用其他工具对fastq文件进行查看和处理，确保其内容正确。
4. 软件版本兼容性问题 ：您提到尝试了不同版本的bowtie2，但仍然出现了相同的问题。尽管您使用了较新的版本，但仍然可能存在与bismark版本不兼容的情况。您可以尝试查看bismark的官方文档或者论坛，确认一下当前版本的bismark是否与您使用的bowtie2版本兼容。
   解决该问题的思路包括：

• 确认输入文件和路径是否正确无误。
• 检查权限问题，确保可以在指定目录中创建文件。
• 确认输入文件格式是否正确。
• 查阅官方文档或相关论坛，了解当前使用的软件版本是否存在兼容性问题。
  如果以上方法均无法解决问题，您可以尝试搜索相关论坛或社区，看看是否有其他用户遇到过类似问题，并分享了解决方案。另外，您也可以尝试联系bismark或bowtie2的开发者或支持团队，反馈您遇到的问题，寻求他们的帮助和建议。

如果该回答解决了您的问题，请采纳！如果没有，请参考以下方案进行修订