GEO数据库中的GPL21273无法下载怎么办

Question

GEO数据库中的GPL21273无法下载基因注释，GSE101656里面中没法进行基因ID的转换，真的想尽任何办法了

Answer 1

ywjs0106 晚上好🌙🌙🌙
本答案参考通义千问

针对GEO数据库中GPL21273平台数据下载问题，尤其是基因注释信息无法获取的情况，你可以尝试以下解决方案：

1. 直接在GEO官网下载：

   • 访问NCBI的GEO数据库（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/）。
   • 在搜索框输入GPL21273并查找该平台信息页面。
   • 在GPL21273详细信息页面查找是否有直接下载基因注释信息的链接或按钮。

2. 利用GEOmetadb R包：

   • 如果GEO官网没有直接提供下载，可以使用R语言中的GEOmetadb包来获取相关信息。

   if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
       install.packages("BiocManager")
   BiocManager::install("GEOmetadb")
   library(GEOmetadb)
   gpl <- getGEOPlatforms GPL="GPL21273"
   # 然后根据返回的数据结构进一步提取所需基因注释信息
   

3. 通过原始文献查找：

   • GPL21273对应的芯片或测序平台的基因注释可能在相关的原始研究文献中有详细介绍，或者作者提供了额外的数据下载链接。

4. 联系数据提交者：

   • 若以上方法都无法获得基因注释信息，可以直接联系数据集的提交者，询问他们是否能提供相关资源。

5. 利用其他数据库间接转换：

   • 如果是芯片数据，通常可以通过Affymetrix官方或者其他第三方数据库如Bioconductor项目中的Annotation包进行基因ID转换。

请注意，由于GEO数据库更新和维护的特性，某些数据可能存在暂时无法下载的问题。建议检查网络连接、浏览器设置以及GEO数据库本身的状态，并适时刷新重试。如果问题依旧，请及时向NCBI GEO团队反馈寻求帮助。