No alias or index file found for protein database [CARD] in search p

Question

使用本地blast时出现的问题

构建数据库

makeblastdb -dbtype nucl -in protein_fasta_protein_homolog_model.fasta -parse_seqids -out CARD

去除-parse_seqids参数后可正常建库

出现.nsq、.nin和.nhr后缀的3个文件

将contig序列比对至核苷酸数据库

blastp -query S14.contigs.fa -db blastdb/CARD -evalue 1e-6 -outfmt 6 -num_threads 6 -out S14

尝试网上常见的报错方法仍未解决

Answer 1

引自免费微信小程序：皆我百晓生

问题分析： 您在尝试使用makeblastdb命令创建基于蛋白质序列的本地BLAST数据库时，遇到了找不到CARD数据库的别名或索引文件的问题。然而，从您的描述和代码片段来看，实际上您是用一个核酸（nucl）类型的数据库参数 -dbtype nucl 去构建一个蛋白质（protein_fasta_protein_homolog_model.fasta）序列的数据库。

解决方案及详细步骤：

1. 正确指定数据库类型： 当处理蛋白质序列时，应当将-dbtype设置为prot而不是nucl。以下是修正后的构建数据库命令：

makeblastdb -dbtype prot -in protein_fasta_protein_homolog_model.fasta -out CARD

这里去除了-parse_seqids参数，因为根据您的描述，在没有这个参数的情况下可以成功创建数据库。

1. 运行BLAST比对： 既然您的目标是对核苷酸contig序列进行比对，那么应该使用适合核酸序列比对的BLAST工具（如blastn），而非blastp（用于蛋白质序列比对）。假设您确实需要将核苷酸序列与蛋白质数据库比对（虽然这不常见，但在某些情况下可能有用，比如翻译后比对），则仍可保留您的blastp命令，但请确保使用的数据库是针对蛋白质构建的，并且数据合理。

2. 如果确实要进行蛋白质比对： 如果S14.contigs.fa实际上是蛋白质序列，并且您希望将其与CARD蛋白质数据库比对，则应保持如下blastp命令：

blastp -query S14.contigs.fa -db blastdb/CARD -evalue 1e-6 -outfmt 6 -num_threads 6 -out S14_results.tab

总结一下，关键在于确认输入序列类型与构建/搜索数据库时指定的类型一致。请检查并根据实际情况调整上述命令。若问题依然存在，请检查原始fasta文件的格式是否正确，以及文件路径是否无误。