【16s】为什么文章标注原始数据是双端测序但sra转成fq之后只有一条fq序列？

Question

【16s】为什么文章标注原始数据是双端测序但sra转成fq之后只有一条fq序列？
各位，我从别人的数据库中分析原始数据的时候，（NCBI号是PRJNA700829）文章说这个数据是双端的，nibi数据库的简介上面也写的双端测序，但是点进去具体的sra上面标注的Library Layout是single。我将sra转成fq使用的命令是fastq-dump SRR13664709.sra --split-3 -O ./ 出来的结果也是一条序列。各位知道我接下来该怎么办么，要按照单端测序进行分析吗？

Answer 1

引自免费微信小程序：皆我百晓生

根据你提供的信息，文章中提到的数据集（PRJNA700829）原始描述是双端测序，但你在NCBI SRA数据库中查询到的具体SRR编号（SRR13664709）对应的Library Layout显示为“SINGLE”。这表明在SRA数据上传时可能出现了错误标注或文件拆分问题。

通常情况下，对于双端测序数据，使用fastq-dump命令进行转换时应加入--split-3参数以确保得到两个单独的.fastq文件分别对应两条配对端序列。然而，你现在只得到了一个.fastq文件，这说明该SRA文件并未按照双端格式存储或上传。

解决办法：

1. 首先，核实原始文章或实验方法部分是否确实进行了双端测序，并确认作者是否上传了正确的SRA文件。如果有可能存在误操作或上传错误，你应该联系数据提供者或者查看该项目下的其他SRA文件，查找正确的双端测序数据。

2. 检查SRA文件的详细信息，有时即使Library Layout标记为single，但实际上可能是由于合并了双端序列而导致的。这种情况下，你需要找到正确的方式来解压和分离双端数据。

3. 尝试不使用--split-3参数重新下载数据，看看是否能获得完整的双端测序信息（虽然这种情况可能性较小）。

鉴于当前情况，你可能需要按照单端测序方式进行分析，除非你能找到并确认正确的双端测序数据。若要继续分析，请务必在报告或论文中明确指出这一点，并解释原因。同时建议与数据提供者取得联系以获取确切信息。