lammps聚合物模型的压缩

Question

请问各位关于在ms里建聚合物的模型，然后再通过lammps来压缩，现在我用移动墙将聚合物压缩到了一定密度，然后停止移动墙并将其换为固定墙进行驰豫，驰豫的时候出现bond atom missing 错误，不论我怎么调整墙的位置都出现这个错误，墙的位置把聚合物都包括在其中了的，但把墙的命令去掉就可以驰豫成功了，请问这是什么原因呢？这是我的in文件，各位能帮我看看是什么原因吗？

Answer 1

该回答引用自GPT-3.5,由博主GISer Liu编写：

根据你描述的情况，出现"bond atom
missing"错误可能是由于你的移动墙与固定墙之间的区域存在一些问题，导致了分子间键的断裂或失效。这可能是由于移动墙的位置设置不当，导致墙与聚合物之间的相互作用不正确，进而引发了此错误。
为了解决这个问题，你可以尝试以下几个方面的调整和改进：

1. 检查墙的位置设置 ：确保移动墙的位置设置正确，将聚合物完全包括在移动墙内。可以通过在可视化软件中观察移动墙的位置来确保其正确性。
2. 调整移动墙的速度 ：可能是移动墙的速度设置过快导致了聚合物的分子键断裂。尝试减慢移动墙的速度，让聚合物有足够的时间适应压缩过程。
3. 增加相互作用的强度 ：在LAMMPS的输入文件中，可以尝试增加聚合物分子内部以及分子与墙之间的相互作用强度，以确保在压缩和驰豫过程中分子间的键不会断裂。
4. 检查初始构象 ：确保初始构象是合理的，没有显著的结构缺陷或不稳定性。这可以通过可视化工具检查。
5. 增加仿真时间 ：增加仿真时间，让系统有更多的时间进行驰豫，有助于稳定系统结构。
6. 查看日志文件和可视化结果 ：仔细查看LAMMPS的日志文件，以及使用可视化工具观察仿真过程中系统的行为，有助于定位问题所在。
   针对上述建议，你可以逐一尝试，看看是否能够解决你遇到的问题。如果问题仍然存在，可以考虑进一步深入分析系统的性质和仿真过程，以寻找其他可能的解决方案。

如果该回答解决了您的问题，请采纳！如果没有，请参考以下方案进行修订