在WIndows（64位计算机）上使用Cygwin安装bedtools时出错

Question

我正在尝试通过Cygwin安装bedtools v2.31.1。以下是我尝试过的命令：

$ wget https://github.com/arq5x/bedtools2/releases/download/v2.31.1/bedtools-2.31.1.tar.gz

$ tar -zxvf bedtools-2.31.1.tar.gz

$ cd bedtools2

$ make

在运行最后一个命令时，我得到以下错误：

src/utils/BamTools/include/SamHeader.hpp:108:41: error: ‘strdup’ was not declared in this scope; did you mean ‘strcmp’?

108 | _header->text = strdup(text.c_str());

| ^~~~~~

| strcmp

如图所示:

请问应该怎么处理？感谢您的帮助！

Answer 1

梦里້໌ᮨ 中午好🌞🌞🌞
本答案参考ChatGPT-3.5

在安装bedtools时出现的错误表明缺少strdup函数的声明。这可能是因为使用了不兼容的C++标准造成的。

为了解决这个问题，你可以尝试以下几个解决方案：

1. 修改源代码：打开src/utils/BamTools/include/SamHeader.hpp文件，将第37行和第108行的strdup函数替换为_strdup，然后保存文件。然后重新运行make命令。这个修改会将strdup函数替换为Windows下的兼容函数_strdup，可以解决这个问题。

2. 修改编译选项：使用编辑器打开Makefile文件，在CXXFLAGS中添加-D_GNU_SOURCE选项，然后保存文件。这个选项会指定使用GNU标准，可能会解决缺少strdup声明的问题。

3. 使用MSYS2替代Cygwin：Cygwin是在Windows上为了提供类似于UNIX环境而开发的工具，但是有时候可能会遇到一些兼容性问题。你可以考虑使用MSYS2作为替代，它也提供了类似的UNIX环境，并且在Windows上的兼容性更好。

4. 尝试使用预编译的可执行文件：如果以上方法都无法解决问题，你可以尝试从bedtools的发布页面下载编译好的预编译可执行文件，而不是从源代码进行编译。

注意：在尝试以上解决方案之前，你可能需要先卸载已经安装的bedtools，然后重新进行操作。