CNVcaller安装后无法找到文件

Question

下载安装cnvcaller后已经修改了两个shell脚本的路径，更改了环境变量，赋予了可执行权限，为什么还是显示无法找到cnvcaller。

Answer 1

让阿豪来帮你解答，本回答参考chatgpt3.5编写提供，如果还有疑问可以评论或留言

可能存在以下几个问题：

1. 环境变量没有设置正确：需要确认环境变量是否正确设置，包括确保已经将cnvcaller所在路径加入PATH中（可以使用echo $PATH查看当前环境变量中包含哪些路径）
2. 脚本文件权限不正确：需要确认已经正确赋予了脚本文件可执行权限（需要使用chmod +x filename命令）
3. 脚本文件路径不正确：需要确认脚本文件的路径是否正确，如果是相对路径，需要确保在正确的工作目录下执行脚本 解决方法：
4. 检查环境变量是否正确设置，重新设置环境变量；
5. 重新赋予脚本文件可执行权限；
6. 确认脚本文件的路径是否正确，重新执行脚本。 案例： 假设cnvcaller所在的路径为/home/user/cnvcaller，修改了cnvcaller.sh和cnvcaller.pl脚本的路径后，将/home/user/cnvcaller添加到环境变量中。 在终端中执行以下命令：

cd /home/user/Documents/test
/home/user/cnvcaller/cnvcaller.sh

如果还是提示无法找到cnvcaller时，可以使用以下命令检查当前的环境变量：

echo $PATH

确认是否包含/home/user/cnvcaller这条路径，如果没有，需要重新设置环境变量。 如果环境变量正确设置，可以尝试重新赋予脚本文件可执行权限：

chmod +x /home/user/cnvcaller/cnvcaller.sh
chmod +x /home/user/cnvcaller/cnvcaller.pl

然后再次执行脚本，如果还是提示找不到cnvcaller，可以确认一下脚本的路径是否正确。通过cd命令切换到/home/user/cnvcaller所在的目录，然后执行./cnvcaller.sh命令试试。 如果还是不行，可以尝试直接执行脚本，例如：

perl /home/user/cnvcaller/cnvcaller.pl

如果还是不行，可以询问软件开发者或者查看文档中是否有其他配置方法。