WinCoot4 中如何消除 Rotamer Outlier

Question

WinCoot4 中如何消除 Rotamer Outlier，是以Phenix Refine的结果为准，还是以Coot中Validate中为准。同时在phenix refine的优化报告里，如何消除basic geometry里的 bond length/angle restraints 和 dihedral angle restraints.

Answer 1

让阿豪来帮你解答，本回答参考chatgpt3.5编写提供，如果还有疑问可以评论或留言

WinCoot4中消除Rotamer Outlier的标准应以Phenix Refine的结果为准。 案例： 在Phenix Refine中进行精修，得到一个PDB文件，其中某些残基的Rotamer被识别为outlier。使用WinCoot4打开这个PDB文件，发现某些残基被标记为Rotamer Outlier，为了消除这些outlier，可以进行以下操作：

1. 点击菜单栏中的“Analysis”。
2. 在下拉菜单中选择“Structure Assessment”。
3. 在弹出窗口中，选择“Rotamers”选项卡。
4. 在此选项卡中，找到Rotamer Outlier的残基，并选择相应的残基。
5. 点击下方的“Fix Rotamer”按钮，即可将该残基的Rotamer修正为最接近的合理构象。 代码： 由于WinCoot4是交互式的分子建模和可视化软件，故不适用代码方式来消除Rotamer Outlier。