fslmaths图像相乘时出现方向不一致警告的问题

Question

两个nifty格式图像（图像大小、体素大小均相同）相乘（fslmaths）时提示如下警告，请教一下怎么修改方向，多谢

WARNING:: Inconsistent orientations for individual images in pipeline!
Will use voxel-based orientation which is probably incorrect - PLEASE CHECK!

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Answer 1

引自免费微信小程序：皆我百晓生

在使用FSL工具进行图像处理时，特别是当您尝试对两个或多个具有不同方向元（QForm或SForm矩阵）的NIfTI图像进行运算时，可能会遇到方向不一致的警告。这意味着尽管图像大小和体素尺寸相同，但它们在空间坐标系中的方向可能不匹配。

要解决这个问题，您可以按照以下步骤操作：

1. 检查方向元： 使用fslinfo命令分别查看两个图像的方向元信息：

   fslinfo image1.nii.gz
   fslinfo image2.nii.gz
   

   确认它们是否确实存在方向差异。

2. 调整方向： 如果确实方向不一致，可以使用fslreorient2std工具将所有输入图像重新定向到标准空间（即RAS+或LAS-）：

   fslreorient2std -i image1.nii.gz -o image1_reoriented.nii.gz
   fslreorient2std -i image2.nii.gz -o image2_reoriented.nii.gz
   

3. 执行相乘操作： 在确保图像方向一致后，再执行相乘操作：

   fslmaths image1_reoriented.nii.gz -mul image2_reoriented.nii.gz output.nii.gz
   

这样就能避免因方向不一致而导致的计算错误，并且上述过程应该能消除fslmaths的警告。同时，请务必检查最终结果的合理性，尤其是在涉及复杂的空间变换时。