结构精修无cif卡片

Question

想问结构精修可以用以前修到Rwp10以下的cif文件来做标准的cif去修其他东西吗

Answer 1

引自免费微信小程序：皆我百晓生

在结构精修过程中，CIF文件（Crystallographic Information Framework）是一种用于存储晶体结构信息的标准格式。如果你已经有一个Rwp值低于10%的CIF文件，这个文件中的晶体结构信息可以作为一个参考模型来进行其他晶体结构的精修。

首先，你需要确保两个晶体属于同一类型的结构，或者至少有相似的晶系、空间群和原子坐标分布，这样基于已知结构进行精修才合理。然后，你可以使用像SHELX、PHENIX、CryAlis等专业的结晶学软件来完成这项工作。这里以Python的CrysPy库作为示例，展示如何读取并处理CIF文件。请注意，这只是一个基础的演示，实际操作可能需要结合专业软件进行。

首先，确保安装了CrysPy库：

pip install cryspy

接下来，我们可以读取一个CIF文件，并提取出结构信息：

from cryspy import Crystal

def read_cif(file_path):
    crystal = Crystal.from_file(file_path)
    return crystal

# 读取已精修过的CIF文件
ref_crystal = read_cif("path_to_your_refined_cif.cif")

# 获取参考晶体的晶胞参数和原子坐标
cell_params = ref_crystal.unit_cell.parameters
atom_positions = ref_crystal.atomic_positions_cartesian
atom_types = ref_crystal.atomic_symbols

有了这些信息后，你可以创建一个新的空晶体对象，并将参考结构的数据复制过去：

def create_new_crystal(cell_params, atom_positions, atom_types):
    new_crystal = Crystal()
    new_crystal.set_unit_cell(parameters=cell_params)
    for i in range(len(atom_positions)):
        new_crystal.add_atom(
            atomic_number=int(atom_types[i]),
            x=atom_positions[i][0],
            y=atom_positions[i][1],
            z=atom_positions[i][2]
        )
    return new_crystal

# 创建新的空晶体对象并填充数据
new_crystal = create_new_crystal(cell_params, atom_positions, atom_types)

# 将新晶体保存为CIF文件，以便后续精修
new_crystal.to_file("path_to_output_new_cif.cif")

现在你已经有了一个与原始精修结构类似的CIF文件，可以用来作为模板进行其他晶体结构的精修。接下来，你需要将实验数据（比如衍射强度和角度数据）与新CIF文件一起输入到专业软件中进行精修。例如，在SHELX中，你可以使用SHELXS或SHELXL程序进行单晶衍射数据的精修，而在PHENIX中则可以使用phenix.refine命令。由于这些步骤涉及具体的软件操作和可能的数据预处理，因此在这里提供完整的代码实现是不切实际的，建议参考相关软件的手册或教程。

如果你没有实验数据，仅有一个CIF文件，那么你只能使用它作为参考模型，但无法进行进一步的结构精修，因为精修过程需要实测的衍射数据作为约束条件。如果你确实拥有实验数据，但是不清楚如何与新CIF文件配合使用特定软件进行精修，那么请提供更多关于数据类型（粉末还是单晶衍射）、使用的软件以及数据格式的信息，我可以提供更详细的指导。