Centos7 / PETGEM

Question

以上是我在PETGEM网站上找到的运行PETGEM的方式。

然后我在运行PETGEM的时候出现了以下问题：

我在网上找到 MPI_Recv_init_c是关于fortran的一个函数，这意思是装的fortran出现问题了吗，然后这种问题应该怎么解决呢

Answer 1

参考免费微信小程序：皆我百晓生 作答，经由专家-皆知整理回复，如问题解决，望采纳；如仍有疑问，请评论回复。

遇到这个问题，看起来是与PETSc库（特别是其内部的MPI实现）和你的系统上的Fortran编译器或MPI库之间存在不兼容性。MPI_Recv_init_c这个未定义的符号错误提示可能是因为PETSc在编译时使用了特定版本的MPI接口，而你的运行环境中可能没有正确匹配这个接口的库。

解决步骤

1. 检查PETSc版本与系统MPI库一致性

首先，确保你的PETSc库是与系统中的MPI安装相匹配的。可以查看PETSc是如何配置和编译的，通常在PETSc源码目录下的configure.log文件里有相关信息。检查它使用的MPI库路径是否与你系统当前使用的MPI库一致。

2. 确认Fortran编译器设置

确认你的系统中Fortran编译器的版本，并且检查PETSc构建时是否正确指定了Fortran编译器。有时候，不同的Fortran编译器（如gfortran、ifort等）对MPI的支持细节有差异，可能导致此类问题。

3. 重新编译PETSc

如果发现版本不匹配或编译选项不正确，考虑重新编译PETSc。在重新编译之前，确保已经安装了正确的MPI库（如OpenMPI或MPICH），并且环境变量（如LD_LIBRARY_PATH）已正确设置指向这些库。

编译PETSc的一般命令示例:

# 先清理旧的构建文件
make clean

# 配置PETSc，这里以OpenMPI为例，替换为你的MPI安装路径
./configure \
--with-cc=mpicc \
--with-cxx=mpicxx \
--with-fc=mpif90 \
--with-clanguage=C \
--download-fblaslapack \
--prefix=/your/install/path/petsc

# 编译并安装
make all
make test
make install

确保替换/your/install/path/petsc为你的目标安装路径。

4. 更新环境变量

重新编译安装后，确保更新你的环境变量，特别是LD_LIBRARY_PATH，使其包含新编译的PETSc库路径，以及正确的MPI库路径。

5. 调整PETGEM配置

如果你的PETSc已经正确安装且版本匹配，那么可能需要调整PETGEM的配置文件或构建过程，确保它指向正确的PETSc安装位置。这可能涉及修改PETGEM的构建脚本或Makefile，确保它们引用了新编译的PETSc库。

总结

• 确认MPI库与PETSc版本的兼容性。
• 检查和配置正确的Fortran编译器。
• 重新编译PETSc，确保所有依赖正确无误。
• 更新环境变量，指向正确的库路径。
• 调整PETGEM配置以使用新编译的PETSc。

如果以上步骤都不能解决问题，建议查阅PETSc和PETGEM的官方文档或社区论坛，可能有其他用户遇到过类似的问题并分享了解决方案。