freesurfer经过GLM组分析后，想通过freeview可视化查看数据sig.mgh文件，提示报错

Question

先打开freeview，打开fsaverage中surf的lh.pial
文件，再点overlay中选择glm运行后的sig.mgh，打不开覆盖不了，报错如下，看描述提示不太懂，求看看怎么解决

Answer 1

引自免费微信小程序：皆我百晓生

看起来你在尝试使用FreeSurfer中的FreeView工具加载一个经由GLM（广义线性模型）处理后的结果文件（sig.mgh），但是遇到了错误提示。这个错误表明你的sig.mgh文件可能没有颜色表（colortable），而FreeView需要颜色表来正确地显示图像。

为了解决这个问题，你需要为你的sig.mgh文件创建一个颜色表。这可以通过Freesurfer中的mri_annotation命令来完成。首先，确保你已经在你的工作目录中设置了正确的Freesurfer环境变量，例如$ FREESURFER_HOME 和 $ SUBJECTS_DIR。如果没有设置，可以使用以下命令设置它们：

source $FREESURFER_HOME/SetUpFreeSurfer.sh

然后，根据你的错误信息，你需要为你的sig.mgh文件创建一个颜色表。执行以下命令：

mri_annotation --annot sig.annot --subject your_subject_id --surf lh.pial --mgh sig.mgh

将 your_subject_id 替换为你实际的受试者ID，比如可能是 'group.age_10sm.1h'。这个命令会创建一个名为'sig.annot'的标注文件，同时也会更新你的sig.mgh文件，添加颜色表。

完成后，再次尝试在FreeView中加载lh.pial文件，并应用overlay时选择你的'sig.mgh'文件。这次应该可以正常显示了。如果你仍然遇到问题，确认一下是否已经正确设置了Freesurfer环境变量，并且你的'registration'步骤是成功的，因为FreeView依赖于这些信息来正确地对齐和显示表面数据。

如果你有任何其他问题，或者需要进一步的帮助，随时告诉我。