先打开freeview,打开fsaverage中surf的lh.pial
文件,再点overlay中选择glm运行后的sig.mgh,打不开覆盖不了,报错如下,看描述提示不太懂,求看看怎么解决
引自免费微信小程序:皆我百晓生
看起来你在尝试使用FreeSurfer中的FreeView工具加载一个经由GLM(广义线性模型)处理后的结果文件(sig.mgh),但是遇到了错误提示。这个错误表明你的sig.mgh文件可能没有颜色表(colortable),而FreeView需要颜色表来正确地显示图像。
为了解决这个问题,你需要为你的sig.mgh文件创建一个颜色表。这可以通过Freesurfer中的mri_annotation命令来完成。首先,确保你已经在你的工作目录中设置了正确的Freesurfer环境变量,例如$ FREESURFER_HOME
和 $ SUBJECTS_DIR
。如果没有设置,可以使用以下命令设置它们:
source $FREESURFER_HOME/SetUpFreeSurfer.sh
然后,根据你的错误信息,你需要为你的sig.mgh文件创建一个颜色表。执行以下命令:
mri_annotation --annot sig.annot --subject your_subject_id --surf lh.pial --mgh sig.mgh
将 your_subject_id
替换为你实际的受试者ID,比如可能是 'group.age_10sm.1h'。这个命令会创建一个名为'sig.annot'的标注文件,同时也会更新你的sig.mgh文件,添加颜色表。
完成后,再次尝试在FreeView中加载lh.pial文件,并应用overlay时选择你的'sig.mgh'文件。这次应该可以正常显示了。如果你仍然遇到问题,确认一下是否已经正确设置了Freesurfer环境变量,并且你的'registration'步骤是成功的,因为FreeView依赖于这些信息来正确地对齐和显示表面数据。
如果你有任何其他问题,或者需要进一步的帮助,随时告诉我。