服务器跑Cellranger报错不支持avx指令怎么办

Question

CentOS服务器跑生信显示不支持avx指令怎么办。

使用CellRanger时

[root@localhost cellranger-8.0.0]# ./cellranger sitecheck > sitecheck.txt

The current CPU does not support avx instructions.

Future versions of 10X Genomics software will not support CPUs older than Intel Xeon E3 (Sandy Bridge) or AMD Opteron FX (circa 2011).

For more information, see
https://support.10xgenomics.com/os-support.

我的查看了一下CPU，

[root@localhost cellranger-8.0.0]# lscpu
Architecture:          x86_64
CPU op-mode(s):        32-bit, 64-bit
Byte 
Orde:            Little Endian
CPU(s):                4
On-line CPU(s) list:   0-3
Thread(s) per core:    1
Core(s) per socket:    1
座：                 4
NUMA 节点：         1
厂商 ID：           GenuineIntel
CPU 系列：          15
型号：              6
型号名称：        Intel(R) Xeon(R) Gold 6338 CPU @ 2.00GHz
步进：              3
CPU MHz：             1995.310
BogoMIPS：            3990.62
超管理器厂商：  KVM
虚拟化类型：     完全
L1d 缓存：          32K
L1i 缓存：          32K
L2 缓存：           4096K
L3 缓存：           16384K
NUMA 节点0 CPU：    0-3
Flags:                 fpu de pse tsc msr pae mce cx8 apic sep mtrr pge mca cmov pat pse36 clflush mmx fxsr sse sse2 syscall nx lm constant_tsc nopl xtopology eagerfpu pni cx16 x2apic aes hypervisor lahf_lm rsb_ctxsw

感觉也没有到不支持AVX的地步啊。 我该怎么办啊5555真的崩溃了，完全用不了cellranger

Answer 1

以下内容由CHATGPT及阿里嘎多学长共同生成、有用望采纳：

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您想要解决的问题

您想要解决的问题是：在CentOS服务器上运行CellRanger时遇到不支持AVX指令的错误，希望找到解决方案以正常使用CellRanger。

问题出现原因

根据您提供的信息，问题出现的原因是您的服务器CPU不支持AVX指令集。尽管您的CPU是Intel Xeon Gold 6338，理论上应该支持AVX指令集，但可能存在以下原因：

1. BIOS/UEFI设置中禁用了AVX支持。
2. 操作系统或内核配置没有启用AVX指令集的支持。
3. CellRanger软件本身的问题。

问题解决方案

以下是解决此问题的步骤：

1. 检查BIOS/UEFI设置

确保BIOS/UEFI中的AVX支持没有被禁用。这通常在BIOS/UEFI的“高级”或“安全”设置中。

2. 确认操作系统支持

确认您的操作系统和内核配置支持AVX指令集。您可以通过以下命令检查内核是否启用了AVX：

cat /proc/cpuinfo | grep avx

如果没有任何输出，可能需要重新编译内核或更新内核配置以启用AVX。

3. 更新CellRanger

确保您的CellRanger版本是最新的，因为旧版本可能存在兼容性问题。

4. 使用Docker

如果上述方法都无法解决问题，您可以考虑使用Docker容器来运行CellRanger。Docker可以提供一个隔离的环境，其中您可以使用预先配置好的支持AVX的镜像。

提供代码

如果您选择使用Docker，以下是拉取和运行CellRanger Docker镜像的命令：

# 拉取CellRanger的Docker镜像
docker pull 10xgenomics/cellranger:latest

# 运行CellRanger的Docker容器
docker run -v /your_data_path:/data --rm 10xgenomics/cellranger:latest cellranger count --id=sample1 /data/sample1/ --libraries=/data/sample1/libraries.csv --reference=/data/refdata-cellranger-GRCh38-3.0.0

请将/your_data_path替换为您的数据路径。

代码运行方式

您需要在服务器上安装Docker，然后使用上述命令运行CellRanger。

代码预期运行结果

如果一切顺利，您应该能够在不遇到AVX指令集错误的情况下运行CellRanger。

推荐相关链接

• 10X Genomics 官方支持页面
• Intel Xeon Gold 6338 官方规格
• Docker 官方文档

请尝试上述解决方案，并根据需要调整。如果问题依旧存在，可能需要联系10X Genomics的技术支持获取进一步帮助。