beagle填充遇到报错情况

Question

The output (if any) follows:

beagle.27Jan18.7e1.jar (version 4.1)
Copyright (C) 2014-2015 Brian L. Browning
Enter "java -jar beagle.27Jan18.7e1.jar" for a summary of command line arguments.
Start time: 04:06 PM CST on 05 Jul 2024

Command line: java -Xmx18204m -jar beagle.jar
  nthreads=10
  impute=true
  gt=baoyugeno.vcf
  out=baoyugeno_imputed_snp

No genetic map is specified: using 1 cM = 1 Mb

reference samples:       0
target samples:         71
ERROR: REF field is not a sequence of A, C, T, G, or N characters at 1:145549 [*]
ERROR: REF field is not a sequence of A, C, T, G, or N characters at 1:155293 [*]
请问在做beagle填充的时候遇到以上的报错应该怎么解决呀？

Answer 1

引自免费微信小程序：皆我百晓生

根据您提供的错误信息，问题似乎与输入文件的格式有关。特别是在处理基因型数据时，"REF field"（参考序列字段）中的某些位置包含非标准的字符序列。beagle软件在处理这些数据时出现了错误。

beagle期望参考序列字段仅包含特定的碱基字符：A、C、T、G和N（代表未知碱基）。当您遇到这些错误时，表明您的输入文件中有某些行包含了不符合期望的字符。

以下是解决这个问题的步骤：

1. 检查输入文件格式: 查看文件baoyugeno.vcf中的相应位置（特别是错误消息提到的位置）。确认这些位置的字符序列是否满足beagle软件的期望。您可能需要使用文本编辑器或命令行工具来查找和检查这些位置。
2. 修正或清理数据: 如果发现不符合要求的字符序列，您需要修正它们。这可能涉及简单的替换或更复杂的清理过程，取决于数据的实际情况。确保只包含beagle支持的碱基字符。
3. 重新运行软件: 在修正数据后，再次运行beagle软件。确保使用正确的命令行参数和修正后的输入文件。

如果可能的话，您也可以考虑使用其他工具来预处理您的数据，以确保它们满足beagle软件的输入要求。此外，如果您不确定如何操作或需要进一步的帮助，考虑查看beagle软件的官方文档或寻求来自相关社区的帮助。

由于没有具体的代码示例可以给出，因为问题主要涉及到数据预处理和格式检查，但希望上述建议能帮助您解决问题。如果您有其他关于代码或程序的问题，我会尽力提供帮助。