在LAMMPS中，lattice custom命令怎么用（以NiTi合金建模为例）

Question

在LAMMPS中，lattice custom命令设置basis以及在create_atoms命令中，后面的basis 12和basis 21，是怎么用的？什么意思？

Answer 1

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在LAMMPS中，lattice custom命令用于设置晶格结构及基元（basis）。基元是一个晶格点所对应的原子或分子。在create_atoms命令中，通过指定basis 12和basis 21，我们可以指定在单元胞中的不同位置生成原子。 具体来说，basis 12表示生成原子时，将基元的第1个原子放在第2行（第1行是基元的原点），而基元的第2个原子放在第1行。 相对地，basis 21表示生成原子时，将基元的第1个原子放在第1行，而基元的第2个原子放在第2行。 下面是一个示例代码：

lattice custom 1.0 a1 4.0 0.0 0.0 a2 0.0 4.0 0.0 a3 0.0 0.0 4.0 basis 0.0 0.0 0.0 basis 0.5 0.5 0.5 
create_atoms 1 1 basis 12 basis 21

在上面的代码中，我们首先定义了一个立方体晶格，然后指定了两个基元，分别位于晶格的原点和(0.5,0.5,0.5)处。最后使用create_atoms命令生成原子，其中指定了basis 12和basis 21，即根据前面的描述在两个不同的位置生成原子。 通过使用不同的basis参数，我们可以在不同的位置生成原子，这对于研究晶体中不同位置的原子行为非常有用。