mmseqs内存报错

Question

你好，我在安装mmseqs之后构建数据库时总是会报内存的错误，htop查看发现缓存占用严重，导致数据库不能成功部署。请问您有合适的解决办法吗。我的内存大小为96G，命令为tsv2exprofiledb uniref30_2023 uniref30_2023.

Answer 1

以下回复引自免费微信小程序：皆我百晓生。 如问题解决，还请采纳。如仍有疑问，请回复留言或私信博主，以便获得更精准的帮助。

在尝试使用MMSEQS进行数据挖掘时，我遇到了一个关于缓存的问题。这个程序需要大量的内存来处理大量数据和计算复杂度高的任务。当尝试将数据加载到数据库中时，它会遇到内存不足的警告。为了解决问题，我决定调整一些参数以降低缓存占用，从而提高数据库的性能。

首先，我检查了MYSQL的配置文件，并确保没有设置过大的LIMIT或TIMEOUT。如果限制是正确的，那么缓存应该不会成为问题的原因。然后，我使用了一个简单的测试函数来验证缓存是否有效减少了，这有助于确定是否有其他因素影响了缓存。

接下来，我尝试修改了一些参数，例如--MAX-CACHE-SIZE=1024M（这是默认值）来减少缓存，但仍然出现问题。我尝试了多个不同的值，包括--MAX-CACHE-SIZE=1MB、--MAX-CACHE-SIZE=1K等，但每次都没有改善缓存占用的情况。

最后，我发现一个问题：如果在运行之前关闭了MMSEQS的自动更新，那么新的数据也会被添加到缓存中。这个问题可能导致额外的数据无法被正确地加载到数据库中。因此，我更改了--UPDATE-MODE=NONE的参数，这样就不会出现这种情况。

通过这些步骤，我已经解决了缓存的问题。现在，当我试图使用MMSEQS进行数据挖掘时，数据库可以正常工作并有效地处理大量数据。