Autodocktools转换PDBQT文件出错

Question

Autodock Tools中打开pdb文件时cmd显示如下内容

swig/python detected a memory leak of type 'BHtree *', no destructor found.
swig/python detected a memory leak of type 'BHtree *', no destructor found.
swig/python detected a memory leak of type 'BHtree *', no destructor found.
swig/python detected a memory leak of type 'BHtree *', no destructor found.
受体蛋白分子正常加氢操作后，点击'Grid'后点击'Macromolecule'，再次点击‘select Molecule’，文件类型选择‘pdbqt’，点击‘save’，但依然保存为pdb文件，无法保存为PDBQT文件
请问怎么解决？

Answer 1

以下回复参考：皆我百晓生、券券喵儿等免费微信小程序作答:

关于你在使用Autodock Tools转换PDB文件到PDBQT文件时遇到的问题，我们可以从以下几个方面来解决：

1. 内存泄漏问题: swig/python detected a memory leak of type 'BHtree *' ... 这些警告是关于内存泄漏的。这可能是软件本身的问题或者你的系统环境配置问题。你可以尝试以下方法来解决这个问题：

   • 确保你正在使用的Autodock Tools版本是最新的，因为软件更新可能已经修复了这个问题。
   • 如果你在虚拟机中运行此工具，请考虑直接在物理机上运行它。虚拟机可能会限制内存使用并导致内存泄漏问题。
   • 检查你的Python环境配置是否正确。确保所有依赖项都已正确安装并且版本兼容。

2. 无法保存为PDBQT文件问题: 如果你在尝试保存文件时遇到只保存为PDB文件而不是PDBQT文件的问题，你可以尝试以下方法：

   • 确保你正确选择了“Save As”选项并选择了正确的文件类型（即PDBQT）。有时，软件的界面可能会误导用户，所以请仔细检查每一步操作。
   • 确保你的操作路径没有中文或特殊字符，有时这可能导致软件无法正确保存文件。
   • 尝试关闭并重新打开软件，或者重启你的计算机，然后再次尝试保存文件。有时临时的问题或缓存可能会导致此类错误。

3. 其他建议:

   • 检查你的PDB文件是否完整并且没有损坏。你可以尝试使用其他软件打开它，以确认其完整性和正确性。
   • 如果你正在使用多个软件或工具进行分子对接，请确保它们之间的文件格式和参数设置是兼容的。有时不同软件之间的格式差异可能会导致问题。

如果尝试了上述建议仍然无法解决问题，建议联系Autodock Tools的技术支持或查阅相关的在线社区和论坛，看看是否有其他用户遇到了类似的问题并分享了解决方案。