如何解决ldsc的这条报错/index error

Question

运行前两条染色体是正常的，运行到第三条染色体开始出现如图报错index error。
其中，所有染色体ldscore文件（Add_all.chr）和参考的文件都存在且无缺损。每条染色体单独分开运行也是同样的问题（从第三条染色体开始报错）。

代码
for i in {1..22}do python ./ldsc.py --h2 SSc_ldscnew.sumstats.gz --ref-ld-chr regions_enh_E048_folder/Add_all.chr${i} --overlap-annot --w-ld-chr 1000G_Phase3_weights_hm3_no_MHC/weights.hm3_noMHC.${i} --frqfile-chr 1000G_Phase3_frq/1000G.EUR.QC.${i} --out SSc048done

Answer 1

阿里嘎多学长整理、AIGC生成：

###ラー解决ldsc的index error

LDSC（Linear Mixed Model-based Efficient Generalized Mixed Model）是一种基于线性 mixed 模型的高效通用 mixed 模型软件包。ldsc报错的原因可能是数据处理或算法的错误。

根据你的报告，错误发生在运行到第三条染色体时。你可以尝试以下解决方法：

1. 检查数据：在运行 ldsc 前，检查数据的正确性和完整性。确保你的数据没有错误或空值。
2. 检查 Python 代码：检查 Python 代码中的错误，尤其是在数据导入和处理部分。
3. 检查 Aldrich-Cox 过滤：ldsc 使用 Aldrich-Cox 过滤来处理数据。在过滤数据时，如果出现了错误，ldsc 就会报错。你可以尝试调整 Aldrich-Cox 过滤参数来解决问题。
4. 检查内存和 CPUusage：ldsc 是计算密集型的软件，如果你的计算机没有足够的内存和 CPU 资源，ldsc 就会报错。你可以尝试降低算法的参数或increase 你的计算机的内存和 CPU 资源。
5. 查看日志：ldsc Output 中可能含有有用的错误信息。你可以查看日志文件来了解错误的原因。

如果你的错误仍然无法解决，可以提供更多的错误信息和代码，询问 ldsc 问题的具体原因。