薛定谔分子对接准备蛋白前遇到问题
当我准备protein preparation 的时候 点击preprocess 后直接弹出的error
不知道是什么问题 让我联系邮箱 有没有友友能知道怎么解决问题呀
薛定谔分子对接准备蛋白前遇到问题
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- 2025-10-02 15:06香辣鸡翅儿的博客 #批量蛋白前处理，#批量小分子前处理，#批量分子对接（蛋白自带配体和不自带配体的处理不一样）·首先需要你在pdb数据库下载你所需要进行分子对接的蛋白结构，将其导入薛定谔软件，然后通过进行蛋白批量前处理。...
- 2025-05-17 22:46香辣鸡翅儿的博客 #本文更加适合有一定薛定谔分子对接基础但是对接分数不太理想、想要通过操作优化对接分数的朋友阅读(●'◡'●) 本人在之前使用薛定谔进行分子对接时效果很好，基本上可以对到-9甚至-10但是最近在换了小分子配体之后...
- 2026-03-03 18:44香辣鸡翅儿的博客 首先将蛋白导入薛定谔，进行蛋白的前处理：Protein Preparation Wizard板块Preprocess--Optimize--Minimize，工作台会出现处理之后的Minimize文件。工作区选中Minimize的蛋白，使用SiteMap板块，直接点Run，注意改变...
- 2023-01-15 15:57loong_XL的博客 #参考：Maestro 薛定谔软件使用：Maestro 薛定谔对接：sid=287811。
- shanshandeisu的博客 25.03.19回顾时发现漏洞和需要补充的地方。二次修正呃呃呃呃修订了好多，结果CSDN卡住退出了……痛需要大家自行准备多个蛋白质（PDB格式）和多个小分子配体（最好是mol2格式。在开始批量对接前，确保你prep_lig。
- 2023-08-08 12:14小德乐乐的博客 chrodinger是药物发现的完整软件包，包括：基于受体和配体结构的诱导契合和柔性对接模式；基于受体结构及配体极性的对接模式；...生物分子结构模拟，蛋白、糖、核酸、小肽等；基于靶点的药物设计；ADME性质预测；
- 2024-12-02 21:34cn 猎心的博客 这个的安装还是比较麻烦的，我们有的组买了的，是买了的老师的学生给的安装包，可以安装和使用的，但是就是薛定谔真的好大，而且一定不要删除安装包，它...上述都结束以后，到对接这一步啦，选择分子对接的模块，如下。
- 2022-10-20 23:33药研猿的博客 在正常准备蛋白的步骤中弹出了蛋白质中一些位置可变的残基（如下图所示），选中任意一种残基，点击next position会展现出这个残基可能的其他构象，点击commit即选定这个位置，表格中的数字表示这种位置的残基可能的...
- 2024-08-02 16:40小德乐乐的博客 根据已知的生物学信息或实验数据，定义主动（active）和被动...这些残基会在对接过程中作为可能的相互作用位点。主动残基通常是已知的结合位点或重要功能区域。被动残基是靠近主动残基并可能参与相互作用的区域。
- 2024-12-02 10:42shanshandeisu的博客 需要自己确定蛋白的PDB ID和配体的。
- 2023-02-23 15:03loong_XL的博客 【代码】薛定谔 Maestro glide命令行 小分子与蛋白对接使用流。
- shanshandeisu的博客 本人是win11，薛定谔版本是12.9。本篇文章的示例大分子蛋白PDB ID为4KNN，小分子配体的MOL ID为MOL004004。本文部分图源来自知乎，推荐为原作者贡献阅读量捏。
- 2024-11-25 20:06shanshandeisu的博客 支持批量分子对接前置处理（包括蛋白和配体），不像ADT只能支持批量分子对接操作本身。直接支持查找蛋白活性位点，确定合适的蛋白构象等操作。然而ADT并不支持，需要从外网deepsite等网站进行预测或文献查找。
- 2022-03-16 11:27Hbaixue的博客 蛋白-配体相互作用、柔性对接及基于结构的虚拟筛选、基于药效团虚拟筛选、构效关系模型预测分子活性
- 2024-11-26 20:33shanshandeisu的博客 本人是win11，薛定谔版本是12.9。官网：https://www.schrodinger.com/本篇文章的示例大分子蛋白PDB ID为4KNN，小分子配体的MOL ID为MOL004004。
- 2022-01-06 16:41Hbaixue的博客 蛋白-配体相互作用、柔性对接及基于结构的虚拟筛选、基于药效团虚拟筛选、构效关系模型预测分子活性
- 2024-11-26 17:21shanshandeisu的博客 本人是win11，薛定谔版本是12.9。官网：https://www.schrodinger.com/本篇文章的示例大分子蛋白PDB ID为4KNN，小分子配体的MOL ID为MOL004004。
- 2024-05-01 10:29bblb的博客 带来薛定谔软件的使用4lyw蛋白实战教程
- 2022-10-20 23:32药研猿的博客 所谓诱导契合对接说的直白点就是在对接过程中，不仅小分子改变pose(姿势),结合空腔中的氨基酸残基位置也会改变。即配体和受体双向奔赴的过程。
- 2024-11-26 19:25shanshandeisu的博客 选项2：在选项1选择了批量导入小分子配体时，选项2的过滤就显得比较有用了，这使得我们可以自定义筛选条件。create打开新面板如下，是常见属性，主要是针对官能团的。譬如如果我们希望导入的批量小分子中，只有分子...
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