materialstudio计算氢键脚本问题

Question

各位朋友晚上好，我用ms脚本中的Hbands，计算CH3NH3PbI3钙钛矿中的CH3与I形成的H键，我把脚本中的Cl全换成I，
算出来出现错误为"Number of atoms
O 0 I 12 F 0 N 4 S 0 H 24
Illegal division by zero at -e line 226."请问是不是因为无法形成氢键，才算不出来。

这是我的构型，我用MS的H键显示，将N作为给体，I作为受体，H键长度最大3.1埃，我看可以连接有氢键

这是我改的氢键脚本

Answer 1

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materialstudio计算氢键脚本问题

你使用 Material Studio 中的 Hbands 脚本计算 CH3NH3PbI3 中的 CH3 与 I 形成的氢键，但是出现错误，错误信息是 "Number of atoms O 0 I 12 F 0"。

可能的原因是 Hbands 脚本中没有正确地处理 I 原子。 Perl 语言中，I 是一个保留字，用于表示整数类型，可以导致脚本解析错误。

解决方法是将 I 替换为其他变量名，例如 iodine，然后在脚本中使用 iodine 变量代替 I。

例如：

#!/usr/bin/perl

use strict;
use warnings;

my $iodine = 'I';  # 将 I 替换为 iodine

# 你的脚本代码

将上面的代码添加到你的脚本中，然后重新运行脚本，应该可以正确地计算氢键。