geo下载的矩阵为空的

Question

这些是不是代表从geo下载的矩阵为空的，还是操作的问题？下载的矩阵数据只有十几Kb,看了很多教程说应该正常是Mb。

下面的补充数据是可以用的吗？应该怎么操作？

刚刚开始学，还有很多不懂的地方，想请大家帮忙解答，谢谢！

Answer 1

以下回复参考：皆我百晓生、券券喵儿等免费微信小程序作答:

根据您提供的信息，看起来您在尝试从GEO数据库下载并处理基因表达数据，但在某些步骤中遇到了问题。以下是我对您的问题的理解和建议：

1. 关于图1、图2等显示的R环境内容：这些看起来像是R环境中的变量和目录信息，但没有足够的上下文来判断问题的具体原因。您提供的错误提示“警告多于50个（用warnings()显示第一个到第50个）”表明在您的R脚本中有许多警告信息，这可能是数据处理过程中出现问题的一个迹象。请尝试运行warnings()函数来查看具体的警告信息，以便更好地了解问题所在。
2. 关于数据下载的问题：您提到下载的矩阵数据只有十几Kb，而教程中说应该是Mb。这可能是数据下载不完整或格式不正确的问题。请确保您使用正确的GEO数据集ID（例如GSE110256）并且正确设置了目标目录来下载数据。如果数据下载不完整，您可以尝试重新下载或检查网络连接。
3. 关于代码执行的问题：您提供的代码片段中有一些错误和冗余的部分。例如，您多次定义了dat <- exprs(gset[[1]])这个操作，这似乎是不必要的重复。此外，您的代码片段中存在一些拼写错误（如logi应为log）和不规范的用法（如赋值操作符两边的空格不一致）。请仔细检查您的代码，确保语法正确并且没有重复的操作。
4. 关于if语句中的错误：“错误于if(LogC){:需要TRUE/FALSE值的地方不可以用缺少值}”这个错误表明在if语句的条件判断中使用了缺失值（NA），而if语句需要明确的TRUE或FALSE值作为条件。请检查您的代码中if语句的使用是否正确，确保条件判断是基于有效的逻辑表达式。

为了帮助您解决问题，我需要更多的具体信息，例如您使用的完整R脚本、详细的错误信息以及您尝试达到的目标是什么。您可以提供这些信息以便我更好地了解您的问题并提供更具体的帮助。此外，如果您是初学者，建议从基础的R编程和生物信息学课程开始学习，逐步掌握数据处理和分析的技能。