orhofinder运行blast报错

Question

#orthofinder
ERROR: external program called by OrthoFinder returned an error code: -9

Command: diamond blastp -d /gpfs/Project/Project_YKC/iwg/OrthoFinder/pep.filter/OrthoFinder/Results_Dec12_5/WorkingDirectory/diamondDBSpecies15 -q /gpfs/Project/Project_YKC/iwg/OrthoFinder/pep.filter/OrthoFinder/Results_Dec12_5/WorkingDirectory/Species2.fa -o /gpfs/Project/Project_YKC/iwg/OrthoFinder/pep.filter/OrthoFinder/Results_Dec12_5/WorkingDirectory/Blast2_15.txt --more-sensitive -p 1 --quiet -e 0.001 --compress 1

stdout

b''
stderr

---

b''

请问这是为什么呀

Answer 1

以下回复参考：皆我百晓生、券券喵儿等免费微信小程序作答:

这个错误信息表明在使用OrthoFinder运行BLAST时遇到了问题。错误代码“-9”通常表示外部程序调用时出现了问题，但具体的错误原因可能有很多种。根据您提供的信息，这里有几个可能的原因和解决方案：

1. 钻石BLAST（diamond）未正确安装或配置：确保您已正确安装并配置了diamond工具。检查是否所有必需的依赖项都已满足，并且钻石BLAST的路径是否正确。
2. 文件路径或权限问题：检查您提供的文件路径是否正确，并且运行OrthoFinder的用户具有读取输入文件和写入输出文件的权限。
3. 内存不足：运行BLAST分析可能需要大量的内存。确保您的系统有足够的内存来执行此分析。您可以尝试增加可用的内存或优化BLAST的参数来减少内存使用。
4. BLAST数据库问题：确保您指定的钻石BLAST数据库（-d参数）存在并且是正确的。检查数据库文件的完整性和格式是否正确。
5. 输入文件问题：检查输入文件（如物种序列文件）的格式和完整性。确保它们是正确的FASTA格式，并且不包含任何可能导致分析失败的问题。
6. 命令参数问题：确认您的命令参数是否正确。有时候，命令中的一个小错误或参数值不当可能导致问题。根据您的需求，仔细检查命令中的每个参数。
7. 日志和错误输出：尝试查看更详细的日志或错误输出信息。有时，程序会在标准错误输出之外的地方输出更详细的错误信息。检查任何相关的日志文件或错误输出，以获取更多关于问题的线索。

为了更准确地确定问题所在，您可以尝试单独运行钻石BLAST命令（您提供的命令中的部分），以查看是否也会出现同样的错误。如果单独运行BLAST没有问题，那么问题可能与OrthoFinder的集成方式有关。在这种情况下，您可以检查OrthoFinder的文档或联系其支持团队以获取更多帮助。

希望这些建议能帮助您解决问题！如果您有更多关于这个问题的信息或需要进一步的帮助，请告诉我。